| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,533,538 | A→T | 19.7% | intergenic (+58/‑7) | fimA → / → fimI | major type 1 subunit fimbrin (pilin)/fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,533,538 | 0 | A | T | 19.7% | 478.6 / 113.0 | 203 | intergenic (+58/‑7) | fimA/fimI | major type 1 subunit fimbrin (pilin)/fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/103); new base T (22/18); total (82/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGC > CP009273/4533391‑4533684 | aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATaaaa > 2:3508344/1‑148 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATaaaaa > 2:2454788/1‑148 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATa > 2:368720/1‑148 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACg 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aaaTAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGc > 1:1747826/1‑148 (MQ=255) | ATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGCTGCCAATGTTTGCTCTGGCCGGAAATAAATGGAATACCACGTTGCCCGGCGGAAATATGCAATTTCAGGGCGTCATTATTGCGGAAACTTGCCGGATTGAAGC > CP009273/4533391‑4533684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |