| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,545,107 | G→T | 20.4% | D239Y (GAT→TAT) | uxuR → | fructuronate‑inducible hexuronate regulon transcriptional repressor; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,545,107 | 0 | G | T | 20.4% | 723.4 / 116.6 | 267 | D239Y (GAT→TAT) | uxuR | fructuronate‑inducible hexuronate regulon transcriptional repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/103); new base T (18/37); total (127/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GACAGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTACTTTGTAAATTGCAGGGT > CP009273/4544960‑4545254 | aCAGCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGa > 1:3463321/1‑148 (MQ=255) gCCTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGatat > 1:2430547/1‑148 (MQ=255) ccTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGAtatt > 2:2621495/1‑148 (MQ=255) ccTGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGAtatt < 1:2682658/148‑1 (MQ=255) tGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTAtattta < 2:1520496/148‑1 (MQ=255) tGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGAtattta > 1:3519019/1‑148 (MQ=255) tGTATCGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGAtattta < 1:3689209/148‑1 (MQ=255) cGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTg < 1:971132/148‑1 (MQ=255) cGCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTg < 1:3244998/148‑1 (MQ=255) gCAAAGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGa < 1:1371391/148‑1 (MQ=255) aaaGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATg > 2:3612575/1‑148 (MQ=255) aaGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATgg > 2:1714303/1‑148 (MQ=255) aaGAGTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATgg > 2:2000892/1‑148 (MQ=255) agagTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGc > 1:1699548/1‑148 (MQ=255) agTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTa > 1:1172022/1‑148 (MQ=255) gTGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTAt < 2:3477594/148‑1 (MQ=255) tGGTTGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATc < 2:815325/148‑1 (MQ=255) ttGGGCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGt > 2:185330/1‑148 (MQ=255) gCGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGa < 1:1846134/148‑1 (MQ=255) cGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAGGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGAt < 1:2321669/148‑1 (MQ=255) cGATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGAt > 2:1930854/1‑148 (MQ=255) gATCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGAtt < 2:149952/148‑1 (MQ=255) aTCACAAACAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTc < 2:226980/148‑1 (MQ=255) 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cAGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGc > 1:2618835/1‑148 (MQ=255) aGATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCt > 1:3284290/1‑148 (MQ=255) gATCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGACTTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTg > 1:1320673/1‑148 (MQ=255) tCCTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGa > 2:921597/1‑148 (MQ=255) ccTCGCCGCGTTAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGAt > 1:942482/1‑148 (MQ=255) 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ttAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACg > 2:2699472/1‑148 (MQ=255) tAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGc > 2:3367698/1‑148 (MQ=255) tAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGc > 2:12514/1‑148 (MQ=255) tAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGc > 2:1466094/1‑148 (MQ=255) tAATCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGc < 1:2143188/148‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTg > 2:3682538/1‑148 (MQ=255) tCAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTg > 2:1042912/1‑148 (MQ=255) cAAAAAAGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGa > 1:3267168/1‑148 (MQ=255) aaaaGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACtt < 2:735489/148‑1 (MQ=255) aaaaGATGCCCGAGCGGCGAAGCTGGCAATGTGGCAGCATCTGGAAAACGTTAAGCAACGTCTGCTGGAATTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACtt < 2:3012118/148‑1 (MQ=255) 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aaTTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTAc > 1:1980572/1‑148 (MQ=255) aTTCTCGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTACt < 2:2629447/148‑1 (MQ=255) cGAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTATGAAGTCGCAATGAGTATTACTTTGTa > 2:3683109/1‑148 (MQ=255) gAACGTTGACTATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGTATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTTTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTACTTTGTaa < 2:2150686/148‑1 (MQ=255) gAACGTTGACGATATTTATTTTGATGGCTATCTGTTTGATTCATGGCCGCTGGATAAAGTCGACGCCTGACTTATTATAATAAGCGCAAGGGTAAACGTTCCTTGCGCTCTCTTAAATTAAGAAGTCGCAATGAGTATTACTTTGTaa < 2:2856635/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |