Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,567,278 | G→T | 100% | I166I (ATC→ATA) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,567,278 | 0 | G | T | 99.3% | 969.9 / ‑2.3 | 296 | I166I (ATC→ATA) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (149/144); total (151/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGC > CP009273/4567133‑4567422 | aCGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTAt < 1:2228296/148‑1 (MQ=255) cGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTtata > 2:387289/1‑148 (MQ=255) tAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACTGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTTACGATGAATTTGCAGACACTTATAACg > 1:3288314/1‑148 (MQ=255) aaTTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGa < 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ggCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGAATTTataata < 1:3056379/148‑1 (MQ=255) gCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGAATTTAtaataa < 1:737880/148‑1 (MQ=255) aaaaTTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGAATTTATAATAAcg < 1:1460093/148‑1 (MQ=255) aaaaTTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGAATTTATAATAAcg < 1:901891/148‑1 (MQ=255) aaaTTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGAATTTATAATCAcgc > 2:1818682/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |