Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,584,756 | A→T | 100% | *305K (TAA→AAA) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,756 | 0 | A | T | 99.3% | 881.5 / ‑2.7 | 265 | *305K (TAA→AAA) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (118/145); total (119/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAAT > CP009273/4584612‑4584900 | gTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATg < 1:244835/148‑1 (MQ=255) gTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATg > 2:2420947/1‑148 (MQ=255) aaaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGc < 2:969082/148‑1 (MQ=255) aaaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGc < 1:1512543/148‑1 (MQ=255) aaaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGc < 2:2880102/148‑1 (MQ=255) aaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCa < 2:3287335/148‑1 (MQ=255) aaGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCa > 2:2501503/1‑148 (MQ=255) gTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATa > 2:2929431/1‑148 (MQ=255) gTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATa > 2:2994968/1‑148 (MQ=255) ttttAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATaa < 1:1326471/148‑1 (MQ=255) ttttAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATaa > 1:1209882/1‑148 (MQ=255) aGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTTATCACACCGTTAACACTCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAAcgcg < 1:3745896/148‑1 (MQ=255) ggACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCgt < 1:698518/148‑1 (MQ=255) ggACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCgt < 1:501699/148‑1 (MQ=255) 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aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATc > 2:2831849/1‑148 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATc > 1:3527359/1‑148 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATc > 2:3791109/1‑148 (MQ=255) cATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCat > 1:1431002/1‑148 (MQ=255) cATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCat < 2:16523/148‑1 (MQ=255) 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tAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattgattg < 2:1847022/148‑1 (MQ=255) aGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGt < 1:2542932/148‑1 (MQ=255) tCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGttt < 2:1593488/148‑1 (MQ=255) tCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGttt > 1:2941813/1‑148 (MQ=255) tCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGttt > 1:2751472/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |