| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 362,629 | A→T | 100% | Y9N (TAC→AAC) | mhpR ← | mhp operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 362,629 | 0 | A | T | 97.1% | 625.6 / 5.4 | 195 | Y9N (TAC→AAC) | mhpR | mhp operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/5); new base T (77/112); total (78/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATG > CP009273/362484‑362774 | tCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGgttttgtttt > 1:3244554/1‑148 (MQ=255)tCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGgttttgtttt < 1:175152/148‑1 (MQ=255) gCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGt < 1:1228700/148‑1 (MQ=255) cAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTc < 2:1694970/148‑1 (MQ=255) cagcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTg < 2:3176788/148‑1 (MQ=255) cagcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTg < 1:2541640/148‑1 (MQ=255) cagcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTg < 2:3494868/148‑1 (MQ=255) agcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGt > 1:743606/1‑148 (MQ=255) agcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGt > 1:3317554/1‑148 (MQ=255) gcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGtt < 2:3127056/148‑1 (MQ=255) gcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGtt < 2:980543/148‑1 (MQ=255) tCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGc > 2:1817541/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGc > 1:3631542/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGc > 1:2724700/1‑148 (MQ=255) cgccgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCa < 2:683212/148‑1 (MQ=255) gccgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCat < 2:715782/148‑1 (MQ=255) ccgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCata < 2:515299/148‑1 (MQ=255) ccgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCata < 1:2756140/148‑1 (MQ=255) cgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCatat < 1:3387868/148‑1 (MQ=255) cgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCatat < 1:3390284/148‑1 (MQ=255) acaGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTaa < 1:934540/148‑1 (MQ=255) caGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAAt < 2:646018/148‑1 (MQ=255) caGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAAt < 2:2539222/148‑1 (MQ=255) tggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGa > 1:1006595/1‑148 (MQ=255) tggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGa < 1:2709636/148‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCta < 1:1059672/148‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtat < 2:1805594/148‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtat < 2:3026013/148‑1 (MQ=255) ggCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATCGt > 2:920026/1‑148 (MQ=255) ggCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGt < 1:2193940/148‑1 (MQ=255) cTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTaaaa > 2:3110047/1‑148 (MQ=255) cTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTaaaa > 2:2918944/1‑148 (MQ=255) gAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAaaca < 1:2372898/148‑1 (MQ=255) gAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAaaca < 2:726311/148‑1 (MQ=255) gTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAaacaac > 1:3093355/1‑148 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACg > 1:1745096/1‑148 (MQ=255) cGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACgtgg < 1:1843406/148‑1 (MQ=255) cGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACgtgg < 2:1268453/148‑1 (MQ=255) cagcagCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGc < 2:3433733/148‑1 (MQ=255) 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aGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGa > 2:144495/1‑148 (MQ=255) tttatttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGagt > 2:3608570/1‑146 (MQ=255) ttatttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATGGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTg > 1:2091810/1‑148 (MQ=255) ttatttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTg < 2:2324912/148‑1 (MQ=255) ttatttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTg > 1:3008438/1‑148 (MQ=255) 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gTAGTCCGTCTGCTCATTGTTCTTAATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTTCACGTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGACTAAAACACACTTCCTATACTGAGCGAACAATAAAAAATCATTTACATg < 2:3083620/148‑1 (MQ=255) | TCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATG > CP009273/362484‑362774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |