Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 42,342 | G→T | 12.9% | intergenic (‑411/‑61) | caiT ← / → fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 42,342 | 0 | G | T | 12.9% | 977.1 / 74.2 | 308 | intergenic (‑411/‑61) | caiT/fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (142/125); new base T (13/27); total (156/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
ATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAA > CP009273/42195‑42489 | tCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGa > 1:3708985/1‑148 (MQ=255) ccATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTTat < 2:2787078/148‑1 (MQ=255) aTAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGatat < 2:1970717/148‑1 (MQ=255) tAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATc < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |