| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 606,076 | C→A | 5.4% | P625P (CCG→CCT) | fepA ← | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 606,076 | 0 | C | A | 5.4% | 705.1 / 12.1 | 185 | P625P (CCG→CCT) | fepA | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/106); new base A (7/3); total (76/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
ACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCC > CP009273/605929‑606221 | aCTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTcc < 1:2869909/148‑1 (MQ=255)aCTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTcc > 2:2609710/1‑148 (MQ=255)aCTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTcc < 1:754709/148‑1 (MQ=255) cTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |