Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 625,174 | G→T | 100% | intergenic (+5/‑176) | entH → / → cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 625,174 | 0 | G | T | 97.3% | 577.0 / 6.2 | 198 | intergenic (+5/‑176) | entH/cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (75/111); total (85/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAAC > CP009273/625029‑625318 | cGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATTAACCCTACa > 1:228097/1‑148 (MQ=255) cGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACa > 2:2584359/1‑148 (MQ=255) tgtCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGaa < 2:167785/148‑1 (MQ=255) tCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATTAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATTAACCCTACAGAAtt > 1:1773520/1‑148 (MQ=255) cTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTTGGATGTACCCTACAGAATTa > 1:3057381/1‑148 (MQ=255) tGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAg < 2:972235/148‑1 (MQ=255) tGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAg < 1:2679825/148‑1 (MQ=255) tGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAg < 2:3286020/148‑1 (MQ=255) gAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGa > 2:3808630/1‑148 (MQ=255) aGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 1:3174471/148‑1 (MQ=255) aGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 2:3307362/148‑1 (MQ=255) aGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCGGGGTACGGCAGTTTTGGGCTGAACCCTACAGAATTAGAt > 1:3589479/1‑148 (MQ=255) gggAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATg < 1:1612385/148‑1 (MQ=255) gAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATgag < 1:2088034/148‑1 (MQ=255) aaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAACTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGAt < 2:2779415/148‑1 (MQ=255) ggTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTGGATGAACAGGGGCGGCGTTGGTGCACTTGTGGGCGGGGTACGGCAGGTTTTGGGTGTACCCTACAGAATTATTTGTGATTg > 1:658212/1‑148 (MQ=255) ggTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTg > 2:3059254/1‑148 (MQ=255) gTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGc < 2:195455/148‑1 (MQ=255) tACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCa < 2:1699128/148‑1 (MQ=255) cgcgGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAgg < 2:2673835/148‑1 (MQ=255) ggcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGaaa < 1:2523580/148‑1 (MQ=255) ggcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGaaa < 1:777767/148‑1 (MQ=255) ggcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGaaa < 1:3436485/148‑1 (MQ=255) gTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACt < 2:2706665/148‑1 (MQ=255) tGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCgg < 2:2536051/148‑1 (MQ=255) gCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGa < 2:3272732/148‑1 (MQ=255) cTGCATCTTGGTCGGCAACATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAg < 2:122647/148‑1 (MQ=255) aTCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGAt < 1:1046553/148‑1 (MQ=255) tCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTAGGTTAACGGAGTGATc > 2:3566191/1‑148 (MQ=255) cTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCg > 2:1131414/1‑148 (MQ=255) cTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCg < 1:2763788/148‑1 (MQ=255) ggTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGt < 2:1177887/148‑1 (MQ=255) tCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGCTGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTa < 2:3483977/148‑1 (MQ=255) tCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTa < 1:294319/148‑1 (MQ=255) 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aTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgtt > 2:2620166/1‑148 (MQ=255) aTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgtt > 2:3341194/1‑148 (MQ=255) cAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaa > 2:2465304/1‑148 (MQ=255) agagCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaag < 2:1761414/148‑1 (MQ=255) tGGGAAATAGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTaaa < 2:864991/148‑1 (MQ=255) 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cgtcgtTTTAGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCAACAGAAATAGATGAGATTGCAGGAAAAAACGGTTAACGGAGTGATAGAGTTAACATTGTTAATTTTAAAATTGGtt > 2:1881361/1‑148 (MQ=255) tcgtTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTTGttta > 1:3085522/1‑147 (MQ=255) tttCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACt > 2:3423524/1‑148 (MQ=255) tttCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGAAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACt > 2:317180/1‑148 (MQ=255) aTGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGAt < 1:1332849/148‑1 (MQ=255) 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cAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACa > 1:2482977/1‑148 (MQ=255) ggggCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 2:765821/148‑1 (MQ=255) gggCGGCGTTGCAGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAAGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTCACATTGTTAAGTTAAATATTGTTGTCACCTCCGATTTTCAggg > 2:2763613/1‑148 (MQ=255) gggCGGCCTTGCTGCACTTTTCGGCTGGGTAAGGCGGTATTGTGATGAACCCTACATAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACCTTGTTAAGATAAATATTGGTTTCAAATACGATTTACATgg > 2:2763462/1‑148 (MQ=255) ggcggcGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGt < 2:3087212/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |