| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 729,456 | G→A | 100% | R75R (AGG→AGA) | ybfB → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 729,456 | 0 | G | A | 98.6% | 1155.9 / 4.0 | 353 | R75R (AGG→AGA) | ybfB | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/5); new base A (128/219); total (128/225) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATT > CP009273/729312‑729600 | ttCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAAtt > 1:664238/1‑148 (MQ=255) tCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTg < 1:2901266/148‑1 (MQ=255) aatATTAGACTCCACTGGTTATGTGAGCGAGTTAATTAGTGTGTTGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGGATTGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTTAGAATTGAt < 1:817072/146‑1 (MQ=255) tATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATag < 2:144018/148‑1 (MQ=255) tATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATag > 1:1969607/1‑148 (MQ=255) ttAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagta < 1:3301926/148‑1 (MQ=255) aGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCAAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCTGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagtaag > 2:1410735/1‑148 (MQ=255) cTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGtat < 2:1803698/148‑1 (MQ=255) cTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGtat < 1:1393192/148‑1 (MQ=255) ccACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTatat > 1:453845/1‑148 (MQ=255) aCTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTAtatta < 1:3190152/148‑1 (MQ=255) cTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTAtattat < 1:407957/148‑1 (MQ=255) cTCGTGATGTGAGAGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGTTAATATGTTTTCCAACAGGCATATTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTTGCGTAATAATTGATAGTAAGTAtattat < 2:1038567/148‑1 (MQ=255) tCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg < 2:583360/148‑1 (MQ=255) aTGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGat < 2:3405656/148‑1 (MQ=255) gAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataata < 1:511120/148‑1 (MQ=255) gAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataata > 1:164913/1‑148 (MQ=255) aGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataataa > 2:1299596/1‑148 (MQ=255) gCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataataat < 1:2246617/148‑1 (MQ=255) 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cATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTg > 2:3605231/1‑148 (MQ=255) aTGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGt > 1:1154724/1‑148 (MQ=255) tCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCag > 2:6466/1‑148 (MQ=255) ttATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCagga < 1:2477587/148‑1 (MQ=255) tATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCaggag > 2:697602/1‑148 (MQ=255) gAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGta > 1:2339906/1‑148 (MQ=255) gAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGta > 2:1763947/1‑148 (MQ=255) aaTGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGtat < 1:913852/148‑1 (MQ=255) aaTGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGtat < 2:1123900/148‑1 (MQ=255) aaTGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGtat < 2:2422737/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |