| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 82,037 | C→T | 100% | intergenic (+238/‑80) | leuO → / → ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 82,037 | 0 | C | T | 99.0% | 959.7 / ‑0.4 | 292 | intergenic (+238/‑80) | leuO/ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (162/127); total (164/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGT > CP009273/81892‑82181 | ggATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTTCGCCGTGTTTATGTTTCTGGc > 1:1292936/1‑148 (MQ=255) gATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCt > 2:412307/1‑148 (MQ=255) gATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCt > 2:2421261/1‑148 (MQ=255) aattaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCa < 1:1665667/148‑1 (MQ=255) attaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCaa > 2:742406/1‑148 (MQ=255) ttaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAAt > 1:2354343/1‑148 (MQ=255) taaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAAtt > 2:1103239/1‑148 (MQ=255) aaaaaaTAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGc < 2:1035595/148‑1 (MQ=255) aaaaaaTAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAAGTGc < 1:3472684/148‑1 (MQ=255) aaaaaTAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCt > 1:3052857/1‑148 (MQ=255) aaTAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACACCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTaa > 2:2822949/1‑148 (MQ=255) aTAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAg > 1:3243285/1‑148 (MQ=255) tAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGc > 2:3282634/1‑148 (MQ=255) agagAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCa > 1:2946758/1‑148 (MQ=255) agaAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAg < 1:3655438/148‑1 (MQ=255) agaAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAg > 1:435629/1‑148 (MQ=255) agaAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAg < 1:1232373/148‑1 (MQ=255) aTTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGCGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCg > 2:154448/1‑148 (MQ=255) tGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGa < 1:2727877/148‑1 (MQ=255) 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ttGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAAtg > 2:2321388/1‑148 (MQ=255) ggATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGttt < 1:862604/148‑1 (MQ=255) gagtCAGCCGTTTTATTATCAATTTAATCCTATGTTATTGAGGATTTTATCTTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTTTTCTTATTAGCCCGTGTTTATGTTTATGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGAGGGTTAATGTGtttt < 1:3152441/145‑1 (MQ=255) gATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGtttt > 2:293506/1‑148 (MQ=255) gATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGtttt < 1:1992573/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |