Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,074,411 | G→A | 5.6% | intergenic (‑73/‑350) | putA ← / → putP | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/proline:sodium symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,074,411 | 0 | G | A | 5.6% | 841.1 / 22.9 | 232 | intergenic (‑73/‑350) | putA/putP | fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/proline:sodium symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/132); new base A (5/8); total (92/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
ATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATG > CP009273/1074265‑1074558 | atACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAACTATCCATGATGTTGCAACTTTGTGc > 2:1323850/1‑148 (MQ=255) aCGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCaa < 2:1713941/148‑1 (MQ=255) tgtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCa < 1:2595661/148‑1 (MQ=255) gtCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCAt 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tAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACa > 2:1909480/1‑148 (MQ=255) aaTACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACAt < 1:878228/148‑1 (MQ=255) tACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGc > 1:2345579/1‑148 (MQ=255) tACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTACAACCATGTTAAATGTGACATGc > 1:3001798/1‑148 (MQ=255) cACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCa < 1:1097668/148‑1 (MQ=255) 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gCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAAtg < 2:1663683/148‑1 (MQ=255) | ATACGTGTCGCGGCAGACTTAATACGCTCACGCGTCGCGTCGTCCAGCTTAACCCCCATGGTGGTGGTTCCCATGCCATTACTCCTGTTGTTCAGAAAGGTGCAACTTAACGTTATCGTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTAATAAAAGAAATCGATATGACAGGGATTAAAAAAATAACTCAGACTTTTTCTCTGCGGCAGTTAACATTTTTGAAAGGTGCAACCGCAAAAAATG > CP009273/1074265‑1074558 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |