Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,118,542 | C→G | 7.3% | S63T (AGC→ACC) | yceB ← | lipoprotein, DUF1439 family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,118,542 | 0 | C | G | 7.3% | 490.9 / 2.1 | 169 | S63T (AGC→ACC) | yceB | lipoprotein, DUF1439 family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/90); new base G (2/12); total (66/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AAGATCGCACCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGG > CP009273/1118395‑1118688 | aaGATCGCACCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTATGACTACCGAACAGGGCGTTCATGTACAGATTGGGGTCTCCGGGTAGGGTAACCATATTAGGCTCTTCGCGACCAAATT‑TGc > 1:1774684/1‑148 (MQ=255) aGATCGCACCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTGTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCCGATTTGGGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAAATT‑TGCt > 1:3625626/1‑148 (MQ=255) tCGCACCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTGTTTCTAACGAACAGGGAGTTGATTTGCAGATTTGGGTGTCCGGTTAGGGTTAACTTATTAGGCTCGTCGCGACCAATTT‑Tggtggt > 1:1956432/1‑148 (MQ=255) tCGCACCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGt < 1:2114270/148‑1 (MQ=255) aCCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAgg > 2:514042/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAgg > 2:3601624/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTTCTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAgg > 2:2435661/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTACTTTATCAAACACGGGCAGCGCTTTCAGCTTCAGTTTCATGGTCGCTATCTTACTAACGAAAACGGATTGAAAGTACAGAATGGCGTCACCGGGTAGGGTAACCTTATTCGGCAAGTAGCGACCAAATT‑GGCTGGT‑CAgg > 2:1676827/1‑148 (MQ=255) 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cGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCtttt > 2:2659228/1‑148 (MQ=255) cGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCtttt > 2:406716/1‑148 (MQ=255) gCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTg < 2:412189/148‑1 (MQ=255) ttCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTgaga > 2:15988/1‑148 (MQ=255) tGACTACCGAACAGGGATTTCATGTCCATATTGGCGTCTCCGGTTAGGTTAACCTTATGCGGCTCTTCGCGACAAATTT‑GGCTGGT‑CAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAat < 1:2218493/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |