Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,139,402 | C→A | 100% | R141L (CGC→CTC) | rne ← | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,139,402 | 0 | C | A | 100.0% | 828.8 / ‑6.7 | 252 | R141L (CGC→CTC) | rne | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (124/127); minor base T (0/1); total (124/128) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TTTCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACA > CP009273/1139257‑1139546 | tttCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGgaga > 2:1099676/1‑148 (MQ=255) ttCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGagag > 2:780015/1‑148 (MQ=255) cAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGaa < 2:440390/148‑1 (MQ=255) ggAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGcc > 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ttAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgc > 1:308080/1‑148 (MQ=255) aaTCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcg > 1:2987339/1‑148 (MQ=255) tCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcgcg > 1:349959/1‑148 (MQ=255) tCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCcgcgcgcg > 2:638623/1‑148 (MQ=255) cAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATCCGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTc > 2:1950894/1‑148 (MQ=255) 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aTTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAg > 1:1068124/1‑148 (MQ=255) tttGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGa < 2:2778496/148‑1 (MQ=255) ttGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGAt > 1:80295/1‑148 (MQ=255) gCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAg > 1:98998/1‑148 (MQ=255) ccGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGc < 2:1838204/148‑1 (MQ=255) cGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCt < 1:927931/148‑1 (MQ=255) cGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTGcc < 1:2232681/148‑1 (MQ=255) ccAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCg > 1:1544420/1‑148 (MQ=255) cAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGc < 2:1129931/148‑1 (MQ=255) cGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACTGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGGTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAg > 2:2178729/1‑148 (MQ=255) cGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAg < 1:2541035/148‑1 (MQ=255) tGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACt < 1:2183167/148‑1 (MQ=255) gcgcACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTg < 1:74516/148‑1 (MQ=255) aTAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAgg < 2:2575021/148‑1 (MQ=255) tAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAggt > 1:2075389/1‑148 (MQ=255) 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ttttAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATc > 2:1405328/1‑148 (MQ=255) tttAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCt > 1:3331361/1‑148 (MQ=255) tAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCCGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCAGa > 2:1495948/1‑148 (MQ=255) ttCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACa > 2:2120396/1‑148 (MQ=255) tCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACaa > 2:2422143/1‑148 (MQ=255) 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gtcgtcGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTcc < 1:918465/148‑1 (MQ=255) gtcgtcGCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTcc < 1:512928/148‑1 (MQ=255) tcgtcgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCt < 1:585900/148‑1 (MQ=255) cgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGAcc > 2:57366/1‑148 (MQ=255) cgCCTTCGATACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGAcc > 1:3737542/1‑148 (MQ=255) 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tACGGAGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCAGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCaa > 1:2808195/1‑148 (MQ=255) | TTTCAGACGGAAGCTTAAATCCCATTGCAGCGCCTCAGCAGATTTGCCGACGCCAGCGGTGCGCACGATAAGCCCCATGCCTTCCGGCAGTTCAAGGCTTGCCAGTGCTTCTTTTAATTCGGTACGGTCGTCGCCTTCGATACGGCGAGAAATGCCACCCGCGCGCGGGTTGTTCGGCATCAGAACCAGATAGCTACCCGCCAGACTGATAAAGGTGGTTAATGCCGCGCCTTTGTTGCCGCGCTCTTCTTTATCGATCTGAACAATGACTTCCTGACCTTCACGCAACA > CP009273/1139257‑1139546 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |