| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,287,287 | A→T | 6.6% | V125V (GTA→GTT) | galU → | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,287,287 | 0 | A | T | 6.6% | 815.1 / 38.0 | 274 | V125V (GTA→GTT) | galU | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/124); new base T (5/13); total (137/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TGAACTGGAAGCAATGCTGGAAAAACGTGTAAAACGTCAACTGCTTGATGAAGTGCAGTCTATTTGTCCACCGCACGTGACTATTATGCAAGTTCGTCAGGGTCTGGCGAAAGGCCTGGGACACGCGGTATTGTGTGCTCACCCGGTAGTGGGTGATGAACCGGTAGCTGTTATTTTGCCTGATGTTATTCTGGATGAATATGAATCCGATTTGTCACAGGATAACCTGGCAGAGATGATCCGCCGCTTTGATGAAACGGGTCATAGCCAGATCATGGTTGAACCGGTTGCTGA > CP009273/1287140‑1287433 | tGAACTGGAAGCAATGCTGGAAAAACGTGTAAAACGTCAACTGCTTGATGAAGTGCAGTCTATTTGTCCACCGCACGTGACTATTATGCAAGTTCGTCAGGGTCTGGCGAAAGGCCTGGGACACGCGGTATTGTGTGCTCACCCGGTa < 2:351922/148‑1 (MQ=255) gAACTGGAAGCAATGCTGGAAAAACGTGTAAAACGTCAACTGCTTGATGAAGTGCAGTCTATTTGTCCACCGCACGTGACTATTATGCAAGTTCGTCAGGGTCTGGCGAAAGGCCTGGGACACGCGGTATTGTGTGCTCACCCGGTAg < 1:65108/148‑1 (MQ=255) cTGGAAGCAATGCTGGAAAAACGTGTAAAACGTCAACTGCTTGATGAAGTGCAGTCTATTTGTCCACCGCACGTGACTATTATGCAAGTTCGTCAGGGTCTGGCGAAAGGCCTGGGACACGCGGTATTGTGTGCTCACCCGGTAGTgg > 1:106608/1‑148 (MQ=255) tGGAAGCAATGCTGGAAAAACGTGTAAAACGTCAACTGCTTGATGAAGTGCAGTCTATTTGTCCACCGCACGTGACTATTATGCAAGTTCGTCAGGGTCTGGCGAAAGGCCTGGGACACGCGGTATTGTGTGCTCACCCGGTAGTggg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |