Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,290,033 | G→T | 100% | pseudogene (416/567 nt) | insZ ← | pseudogene, transposase homolog |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,290,033 | 0 | G | T | 97.6% | 542.3 / 3.7 | 172 | pseudogene (416/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (61/106); total (64/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289891‑1290177 | aggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTAAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGTTGGTGCCGGGTTAcccc > 1:2585027/1‑148 (MQ=255) gagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgt > 2:1669830/1‑148 (MQ=255) agCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgtg < 2:1076514/148‑1 (MQ=255) cGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGtt > 2:1092533/1‑148 (MQ=255) gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:1234190/148‑1 (MQ=255) gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:654021/148‑1 (MQ=255) gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:654026/148‑1 (MQ=255) cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:2294424/148‑1 (MQ=255) cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:1437051/148‑1 (MQ=255) cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:3342579/148‑1 (MQ=255) aTGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGc > 2:839436/1‑148 (MQ=255) tGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGct < 2:220565/148‑1 (MQ=255) gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc > 2:3125460/1‑148 (MQ=255) gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc < 2:2443055/148‑1 (MQ=255) gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc > 2:3124922/1‑148 (MQ=255) tttCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctct > 2:3094106/1‑148 (MQ=255) cacaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATc < 1:3789486/148‑1 (MQ=255) acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTGCCTGGTTACGCCGTGTTTACCCGCTCTaaaa > 1:1895863/1‑145 (MQ=255) acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:698422/148‑1 (MQ=255) acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:697853/148‑1 (MQ=255) acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:2674986/148‑1 (MQ=255) ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt < 2:3483536/148‑1 (MQ=255) ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt < 1:3034442/148‑1 (MQ=255) gATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTc > 2:3775032/1‑148 (MQ=255) gATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTc > 2:3775000/1‑148 (MQ=255) cGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATg > 2:3817231/1‑148 (MQ=255) ggTTTTTGATATCTTAAGCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg < 2:2635680/148‑1 (MQ=255) ggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg < 2:2932365/148‑1 (MQ=255) tttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGat < 2:1985251/148‑1 (MQ=255) tttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGat < 1:704090/148‑1 (MQ=255) ttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATAATTTCTGATTCGata > 1:2550819/1‑148 (MQ=255) tttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGatat < 2:2892368/148‑1 (MQ=255) tttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAAGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCAATTATGATGCGatat > 2:3238377/1‑148 (MQ=255) tGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttc < 2:836885/148‑1 (MQ=255) gATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttct < 2:857894/148‑1 (MQ=255) gATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttct < 2:2044516/148‑1 (MQ=255) atatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACATCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTCCCAGGTTACCCCGTGTTTCCCAGCGCAATCATTTATGATTCGATAttctt > 1:3009687/1‑148 (MQ=255) atatCTGAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttctt < 2:2772343/148‑1 (MQ=255) atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTcc > 2:359997/1‑148 (MQ=255) tCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGTTGCGATATTCTTCCa > 2:928041/1‑148 (MQ=255) tCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCa > 1:2867925/1‑148 (MQ=255) cTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTacac > 2:603571/1‑148 (MQ=255) cGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGGTGGTGCCGGGTTAACCCGGGTTTACCACCACTAAAATTTATGTTGCGATATTATTacacccccgc > 1:456915/1‑142 (MQ=255) cGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggc < 2:3405076/148‑1 (MQ=255) aCCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggcag > 2:3186815/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTat > 2:2818442/1‑147 (MQ=255) cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGc < 1:3655110/148‑1 (MQ=255) cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTTACCAGCTCTATAATTTATTATGCGATATTATTCCAAGCAGGCACTAGc > 2:2914464/1‑148 (MQ=255) ccTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTAACAATTATGTTGCGATATTCTTACACCCAGGCAGTATCCac > 1:3493890/1‑147 (MQ=255) tGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCgg < 1:346413/148‑1 (MQ=255) tGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCgg < 1:346409/148‑1 (MQ=255) gggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATGGTCCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCAGCTCTATAATTTATTATGCGATATTCTTACAAGCCGGCAGTTGCCAGTTGCGGtttaaac > 2:3543864/1‑143 (MQ=255) ggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATTGTGCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCACCACTATCATTTATGATTCGATATTATTCCACCCAGGCAGTAGCCACTGGCGGTTaaaaac > 1:2088357/1‑146 (MQ=255) gCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAccc < 2:2888979/148‑1 (MQ=255) gCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAccc < 2:1727950/148‑1 (MQ=255) gTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCtt < 2:522605/148‑1 (MQ=255) tGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 2:2258642/148‑1 (MQ=255) tGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 2:75326/148‑1 (MQ=255) cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagc < 1:1044653/148‑1 (MQ=255) cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagc < 1:1044611/148‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACGCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:2123431/148‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:3125460/148‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:3124922/148‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTGTCGGGAGGGTCCCTGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATTCGCTATTCGTCCACGCAGGCAGTAGACAGGGGGGGTTACAAACCGTCGGGGTCAGGGtgcgccgc > 1:784290/1‑141 (MQ=255) agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCt < 1:2670482/148‑1 (MQ=255) agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCt < 1:978226/148‑1 (MQ=255) gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 1:431827/148‑1 (MQ=255) gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 1:2596003/148‑1 (MQ=255) gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 2:1459643/148‑1 (MQ=255) cACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCCGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCCGCGTCAGCAGCAGGTCtta > 2:2102894/1‑147 (MQ=255) aCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCg < 1:3502772/148‑1 (MQ=255) aGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGTTGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCGTCGGGTTCAGCGTCCGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaa > 2:2627093/1‑148 (MQ=255) aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaaa < 1:1389151/148‑1 (MQ=255) aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATGTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaaa < 1:1388919/148‑1 (MQ=255) gCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAg < 2:605108/148‑1 (MQ=255) cTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGt < 2:663385/148‑1 (MQ=255) cTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGt < 1:2102894/148‑1 (MQ=255) ccAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTTGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGttt > 2:2560363/1‑148 (MQ=255) cAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTa < 2:1359757/148‑1 (MQ=255) cAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTa < 1:1669830/148‑1 (MQ=255) aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 2:1864164/148‑1 (MQ=255) aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:361086/148‑1 (MQ=255) aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:359997/148‑1 (MQ=255) aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:3583328/148‑1 (MQ=255) tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAATTTTATCa > 1:2912704/1‑148 (MQ=255) tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCa > 2:3077232/1‑148 (MQ=255) tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCa > 1:2195224/1‑148 (MQ=255) cGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCaa > 2:2293684/1‑148 (MQ=255) ttCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaaca < 1:1827892/148‑1 (MQ=255) gATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTa > 1:3728580/1‑148 (MQ=255) aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 1:3573649/148‑1 (MQ=255) aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:371175/148‑1 (MQ=255) aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:3282499/148‑1 (MQ=255) aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:1377012/148‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 1:3560909/148‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 1:1705647/148‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 2:1282776/148‑1 (MQ=255) gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:1636952/148‑1 (MQ=255) cccTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag > 1:1592282/1‑148 (MQ=255) cTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGtt < 2:775865/148‑1 (MQ=255) | AGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289891‑1290177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |