| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,296,729 | C→A | 100% | H431N (CAC→AAC) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,296,729 | 0 | C | A | 98.8% | 812.7 / 0.5 | 250 | H431N (CAC→AAC) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (139/108); total (141/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
ACCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCGG > CP009273/1296587‑1296870 | ccGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAgg > 2:2445054/1‑148 (MQ=255) cGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAggg > 2:1456478/1‑148 (MQ=255) gTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGt < 1:2798775/148‑1 (MQ=255) ttGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTa > 1:526623/1‑148 (MQ=255) gACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACt < 2:2087956/148‑1 (MQ=255) gACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACt < 1:156947/148‑1 (MQ=255) gACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACt < 2:3773982/148‑1 (MQ=255) ccATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACttt > 2:2057744/1‑148 (MQ=255) ccATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACttt > 2:2767777/1‑148 (MQ=255) tCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGa < 2:1183214/148‑1 (MQ=255) tCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGa < 1:173304/148‑1 (MQ=255) cAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGAt < 1:178047/148‑1 (MQ=255) cAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGAt > 1:867833/1‑148 (MQ=255) cAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGAt > 1:1964596/1‑148 (MQ=255) ccTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATACAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGAtgtg < 2:3398268/148‑1 (MQ=255) gttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGcc < 2:1938096/148‑1 (MQ=255) gttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGcc < 2:2615668/148‑1 (MQ=255) gttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGcc < 2:2618490/148‑1 (MQ=255) ttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGccc > 1:1209017/1‑148 (MQ=255) ttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGccc > 1:2759495/1‑148 (MQ=255) ttgtATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGccc > 2:3568966/1‑148 (MQ=255) ataACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGc > 1:1470996/1‑148 (MQ=255) ataACACCTCCGATCTGCAT‑AAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCa > 2:731751/1‑148 (MQ=255) taACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCa > 1:1148156/1‑148 (MQ=255) aaCACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAg < 1:3267090/148‑1 (MQ=255) acacCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAgg > 2:2910156/1‑148 (MQ=255) cacCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGc > 1:1023499/1‑148 (MQ=255) cacCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGc < 1:2349780/148‑1 (MQ=255) tCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCt > 2:2717273/1‑148 (MQ=255) gCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAAACTTGGTGTAAACGTCATACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGAc > 1:3746408/1‑148 (MQ=255) cATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACt > 2:1114388/1‑148 (MQ=255) tAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTAc > 2:1610734/1‑148 (MQ=255) tAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTAc > 1:2374837/1‑148 (MQ=255) aaaaaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACa > 1:1888232/1‑148 (MQ=255) aaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACg > 2:1754528/1‑148 (MQ=255) aaGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACg < 1:3032868/148‑1 (MQ=255) aGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGa < 2:2348932/148‑1 (MQ=255) gCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGaa < 1:3183991/148‑1 (MQ=255) gCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGaa < 2:178568/148‑1 (MQ=255) gCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGaa > 1:800041/1‑148 (MQ=255) gCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGaa > 1:2752227/1‑148 (MQ=255) gCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCaa > 1:3223423/1‑148 (MQ=255) ttGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAActtc > 2:3482354/1‑148 (MQ=255) tgctgcCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAActtcc > 2:1001876/1‑148 (MQ=255) ctgcCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAActtcctt < 1:2873540/148‑1 (MQ=255) tgcCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAActtccttc < 2:847729/148‑1 (MQ=255) gcCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACttccttcc > 2:1693677/1‑148 (MQ=255) ccTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTtccttcct > 2:2232561/1‑148 (MQ=255) tctTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGa > 2:1666304/1‑148 (MQ=255) cATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAacac < 1:1204119/148‑1 (MQ=255) cATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAacac > 1:2459176/1‑148 (MQ=255) ttGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCa < 1:2057744/148‑1 (MQ=255) ggAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCt > 1:1000044/1‑148 (MQ=255) gaagaaAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCtt < 1:227144/148‑1 (MQ=255) aagaaAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCttt < 2:218518/148‑1 (MQ=255) agaaAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTc > 1:471390/1‑148 (MQ=255) aaaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGa > 1:1060438/1‑148 (MQ=255) aaaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGa < 2:1251436/148‑1 (MQ=255) aaaaCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGaa > 1:524437/1‑148 (MQ=255) aCATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAg < 1:2459242/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCt < 1:3523637/148‑1 (MQ=255) tGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCg > 1:7851/1‑148 (MQ=255) tGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGATCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATCTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCATGAACACCATGCTTTCTAACAGCTCg > 2:2405218/1‑148 (MQ=255) ggTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGa < 2:1510791/148‑1 (MQ=255) tgtAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATg > 2:479031/1‑148 (MQ=255) tgtAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATg > 1:3318699/1‑148 (MQ=255) gtAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGa < 1:2577343/148‑1 (MQ=255) gtAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGa > 1:387243/1‑148 (MQ=255) tAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGaa < 1:1610734/148‑1 (MQ=255) aaaCGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAAt < 1:2420377/148‑1 (MQ=255) aaaCGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAAt < 1:2045632/148‑1 (MQ=255) aaaCGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAAt > 2:3068451/1‑148 (MQ=255) aaCGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATa < 2:3689747/148‑1 (MQ=255) cGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATAcc > 1:2690799/1‑148 (MQ=255) 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aaCCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACGTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAaga < 2:2172450/148‑1 (MQ=255) aCCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAagag < 1:949791/148‑1 (MQ=255) cAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGcc < 1:1274708/148‑1 (MQ=255) gAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCgg < 2:2889504/148‑1 (MQ=255) gAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCgg > 2:3095263/1‑148 (MQ=255) 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cTCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTa < 1:3168058/148‑1 (MQ=255) tCGACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTAt > 1:3623736/1‑148 (MQ=255) gACACCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATgg < 1:1456478/148‑1 (MQ=255) acacCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGc > 2:3038720/1‑148 (MQ=255) cacCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCg < 1:2147549/148‑1 (MQ=255) cacCCGTAACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCg > 1:3243379/1‑148 (MQ=255) | ACCGTTGACCATCAACCTGTTGTATAACACCTCCGATCTGCATAAAAAGCTGGCGATTGCTGCCTCTTCATTGTGGAAGAAAAACATTGGTGTAAACGTCAAACTGGTTAACCAGGAGTGGAAAACGTTCCTCGACACCCGTCACCAGGGTACTTTTGATGTGGCCCGTGCAGGCTGGTGTGCTGACTACAACGAACCAACTTCCTTCCTGAACACCATGCTTTCGAACAGCTCGATGAATACCGCGCATTATAAGAGCCCGGCCTTTGACAGCATTATGGCGG > CP009273/1296587‑1296870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |