Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,325,982 | G→T | 100% | T226T (ACG→ACT) | topA → | DNA topoisomerase I, omega subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,325,982 | 0 | G | T | 99.4% | 569.0 / ‑4.2 | 182 | T226T (ACG→ACT) | topA | DNA topoisomerase I, omega subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (90/88); total (93/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACGACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACGACAAACCGTTCCGTCCGGTCAACAAAGAACAAACTCAGGCTGCGGTAAGTCTGCTGGAAAAAGCGCGCTACAGCGTGCTGGAACGTGAAGACAAA > CP009273/1325837‑1326126 | tGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTAc > 2:1371005/1‑148 (MQ=255) ggTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTAcc < 2:2958391/148‑1 (MQ=255) gTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCa < 1:2466396/148‑1 (MQ=255) gctgctATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCt < 1:942562/148‑1 (MQ=255) gctgctATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCt < 2:2794717/148‑1 (MQ=255) ctgctATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACAACCACGCCATCTg > 1:2583356/1‑148 (MQ=255) tATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGa < 2:1787140/148‑1 (MQ=255) tATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGa < 2:3380691/148‑1 (MQ=255) tATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGa < 2:3678652/148‑1 (MQ=255) gAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCGGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGGTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCg > 2:2228800/1‑148 (MQ=255) aaaaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGt < 2:2414576/148‑1 (MQ=255) aaaaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGt > 1:2844947/1‑148 (MQ=255) aaaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGtt < 2:2546145/148‑1 (MQ=255) aaaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGtt < 1:2148030/148‑1 (MQ=255) aaaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGtt > 1:3272311/1‑148 (MQ=255) aaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTg < 2:2113119/148‑1 (MQ=255) aaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTg > 1:2178278/1‑148 (MQ=255) aaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTg > 2:685215/1‑148 (MQ=255) aaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTg > 1:2442407/1‑148 (MQ=255) 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cGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTa > 2:1432466/1‑148 (MQ=255) cGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTAc > 2:3155080/1‑145 (MQ=255) cGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTAc < 1:3155080/145‑1 (MQ=255) cGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAgg < 2:2343308/148‑1 (MQ=255) ggCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGa < 2:137297/148‑1 (MQ=255) cTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtc < 1:1976534/148‑1 (MQ=255) cTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtc < 1:1565445/148‑1 (MQ=255) tGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACAACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtca > 2:2280233/1‑148 (MQ=255) gTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtcat < 1:3010409/148‑1 (MQ=255) tCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtcatc < 1:3032505/148‑1 (MQ=255) tCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACtcatc < 1:198497/148‑1 (MQ=255) ccGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTTCAGGTGACTCCTCAGaa > 1:1344746/1‑148 (MQ=255) ccGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGaa < 1:2552831/148‑1 (MQ=255) ggTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACg > 1:313675/1‑148 (MQ=255) ggTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACg < 2:321873/148‑1 (MQ=255) ggTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACg < 2:321816/148‑1 (MQ=255) gTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCATAACGa > 1:2957843/1‑148 (MQ=255) gTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACGa > 2:3415900/1‑148 (MQ=255) gTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTAGATGCCAGCACTACCACGCCAACTGGTGAAGCGTTTGCGTTACAGGTGACTCATCATAACGa > 1:3397578/1‑148 (MQ=255) tgtgCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACGACaaa < 1:401349/148‑1 (MQ=255) 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cACTACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACGACAAACCGTTCCGTCCGGTCAACAAAGAACAAACTCAGGCTGCGGTAAGTCTGCTGGAAAAAGCGCGCTACAGCGTGCTGGAACGTGAAGACaaa < 1:685215/148‑1 (MQ=255) | TGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAGCACGACCACGCCATCTGGTGAAGCGTTGGCGTTACAGGTGACTCATCAGAACGACAAACCGTTCCGTCCGGTCAACAAAGAACAAACTCAGGCTGCGGTAAGTCTGCTGGAAAAAGCGCGCTACAGCGTGCTGGAACGTGAAGACAAA > CP009273/1325837‑1326126 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |