Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,336,599 | T→C | 21.2% | L141P (CTT→CCT) | pyrF → | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,336,599 | 0 | T | C | 21.2% | 391.4 / 115.9 | 184 | L141P (CTT→CCT) | pyrF | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/85); new base C (15/24); total (75/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGG > CP009273/1336453‑1336745 | gtgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGTAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGc > 1:2106624/1‑148 (MQ=255) gtgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGc < 2:1852859/148‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATg < 1:275850/148‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATg > 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cGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaaa < 1:2061289/148‑1 (MQ=255) cGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaaa < 2:629706/148‑1 (MQ=255) cGACCTGGTCGATCCTGGCAAGACACTGTCAACTGCAGATTATGCAGAACGTCAGGCGGCACTGAAGCAAAAATGTGGCCTTGATGGAGTGGTGTGTTCTTCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATACGGTAAGGAGTTCaaa > 2:676193/1‑148 (MQ=255) ggTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGtt < 2:26438/148‑1 (MQ=255) cGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACg > 2:1987560/1‑148 (MQ=255) cGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACg > 2:1442463/1‑148 (MQ=255) aTCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGcc > 1:2274660/1‑148 (MQ=255) tCTTGGCATGACACTGTCACCTTCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCg < 2:1214441/148‑1 (MQ=255) tCTTGGCATGACACTGTCACCTTCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGCGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCg < 2:204960/148‑1 (MQ=255) tCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCg < 1:2505005/148‑1 (MQ=255) cTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCgg > 2:1570713/1‑148 (MQ=255) | CGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGG > CP009273/1336453‑1336745 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |