| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,389,852 | G→T | 100% | R110S (CGC→AGC) | ynaI ← | mechanosensitive channel protein, very small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,389,852 | 0 | G | T | 97.4% | 829.5 / 10.9 | 268 | R110S (CGC→AGC) | ynaI | mechanosensitive channel protein, very small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/5); new base T (134/126); total (137/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTA > CP009273/1389708‑1389997 | tACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTAcc < 1:3655272/148‑1 (MQ=255)tACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTAcc > 1:178616/1‑148 (MQ=255)tACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTAcc < 1:3655283/148‑1 (MQ=255) cAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCtttttt > 2:3335708/1‑148 (MQ=255) aGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTa < 2:560805/148‑1 (MQ=255) gCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTaa > 2:1146002/1‑148 (MQ=255) aGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAATCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATct > 1:2796569/1‑148 (MQ=255) aGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATct > 2:1695172/1‑148 (MQ=255) accaccAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATctgc > 2:135356/1‑148 (MQ=255) 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aaaGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGa > 2:1727871/1‑148 (MQ=255) aGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGAtt > 2:1278573/1‑148 (MQ=255) ggTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTa > 2:791165/1‑148 (MQ=255) ggTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTa < 2:1569856/148‑1 (MQ=255) cAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATc < 2:122243/148‑1 (MQ=255) cAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATc < 2:416508/148‑1 (MQ=255) gCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATcag < 1:1624841/148‑1 (MQ=255) cAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATcagc > 2:3618556/1‑148 (MQ=255) aaGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATcagca < 1:2783130/148‑1 (MQ=255) gCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGa > 2:2838299/1‑148 (MQ=255) 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ggCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCtt > 1:1992116/1‑148 (MQ=255) ggCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCtt > 1:1351569/1‑148 (MQ=255) gatCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGAACCACAATAATGTTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCTCTTGTGATATCGCTACCATTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGAAGAAATAGCTTa < 2:649749/146‑1 (MQ=255) cTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTaa < 2:3755890/148‑1 (MQ=255) aTGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCg < 2:904047/148‑1 (MQ=255) 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aaTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAAt > 2:1086412/1‑148 (MQ=255) aTGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATa < 2:3091322/148‑1 (MQ=255) gCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCa < 1:3128845/148‑1 (MQ=255) cATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAAt > 1:3778446/1‑148 (MQ=255) aGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAggg > 1:1036112/1‑148 (MQ=255) aGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAggg > 1:596750/1‑148 (MQ=255) gCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGa > 2:2746612/1‑148 (MQ=255) gAACAAGCACCACAATAATCGTGATTTTGAAGATACGCGACAAAATCCGCGCACATGTGATAGCGCAACCTATATTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGAATAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGATATCAGGGACGt > 2:2529507/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTa > 2:3546624/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTa > 1:3117527/1‑148 (MQ=255) 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taatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGAt < 2:3819491/148‑1 (MQ=255) taatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGAt > 1:2734876/1‑148 (MQ=255) aatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATa < 1:3265349/148‑1 (MQ=255) aatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATa < 1:533375/148‑1 (MQ=255) aatGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATa < 1:3403731/148‑1 (MQ=255) 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atgatACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGa > 2:2968019/1‑148 (MQ=255) atgatACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGa < 1:2163527/148‑1 (MQ=255) gatACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATa > 1:1175832/1‑148 (MQ=255) atACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATaa < 2:2821450/148‑1 (MQ=255) aaaTAATCCGCGCACTGTTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAg < 1:1832594/146‑1 (MQ=255) aTAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGtt > 1:3487989/1‑148 (MQ=255) aaTCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTta > 1:3768752/1‑148 (MQ=255) aTCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTTTTTTTCAAAATTATTAATCACCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATCACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTtat < 1:4464/148‑1 (MQ=255) tCCGCGCACTGGTTATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCCGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTtata < 1:743633/148‑1 (MQ=255) tCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTtata > 1:1256254/1‑148 (MQ=255) gcgcACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGtt < 2:55293/148‑1 (MQ=255) gcgcACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGtt < 1:1598152/148‑1 (MQ=255) cTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGACAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCta < 2:22037/148‑1 (MQ=255) cTGGTGATATCGATACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCta < 2:2046937/148‑1 (MQ=255) tGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtat > 2:2721182/1‑148 (MQ=255) ggTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCCGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtata < 1:1146002/148‑1 (MQ=255) ggTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtata < 2:3708551/148‑1 (MQ=255) gTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACTTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATaa < 2:1878385/148‑1 (MQ=255) gTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATaa < 2:1877827/148‑1 (MQ=255) atCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaa > 1:1128646/1‑148 (MQ=255) tCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaat > 1:3020110/1‑148 (MQ=255) | TACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTA > CP009273/1389708‑1389997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |