| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,539,827 | C→A | 100% | pseudogene (145/951 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 97.9% | 1210.3 / 12.4 | 387 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base A (180/199); total (182/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
CCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCAT > CP009273/1539682‑1539971 | ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCGTCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAt > 2:1548374/1‑148 (MQ=255)ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAt > 2:3273139/1‑148 (MQ=255) cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 1:3007191/148‑1 (MQ=255) cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 2:2700893/148‑1 (MQ=255) tGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttg < 1:2002029/148‑1 (MQ=255) aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATTTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggt < 2:1452664/148‑1 (MQ=255) aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCAGTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggt > 1:798969/1‑148 (MQ=255) aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttg > 2:2439138/1‑148 (MQ=255) aTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGANCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGc > 1:1934968/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |