Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,757,175 | G→T | 9.4% | I364I (ATC→ATA) | sufB ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,757,175 | 0 | G | T | 9.4% | 648.6 / 28.7 | 191 | I364I (ATC→ATA) | sufB | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/82); new base T (8/10); total (99/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ATTAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGATTGCGTCC > CP009273/1757028‑1757320 | aTTAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCg > 2:1826029/1‑148 (MQ=255) ttAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGa > 2:311307/1‑148 (MQ=255) ttAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGa > 2:3508440/1‑148 (MQ=255) tAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGAt < 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aaTCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatc < 1:1889723/148‑1 (MQ=255) aTCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatca < 2:3275882/148‑1 (MQ=255) tCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatcat < 2:476734/148‑1 (MQ=255) tCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatcat < 2:3271862/148‑1 (MQ=255) cAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGatcatc > 1:3530138/1‑148 (MQ=255) gCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCtt > 1:2661824/1‑148 (MQ=255) cATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTg < 2:2866889/148‑1 (MQ=255) cATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATAGGTTGCCGACGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTg > 1:108220/1‑148 (MQ=255) gAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGc < 2:1990736/148‑1 (MQ=255) gTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGATATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCg > 1:2288731/1‑148 (MQ=255) cACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTAt > 1:3626136/1‑148 (MQ=255) cTGAGTGAAATAGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCAGCGATAACTGTTCTGACTATTTAAGTCAGATATACCTATAGACATAATCGTAGATTTTGTGTTTTTACAGATGTGGATCATATTTGTGAAGGTATcc > 2:421752/1‑148 (MQ=255) tGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCg > 1:2816379/1‑148 (MQ=255) gAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGc > 1:805071/1‑148 (MQ=255) aGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCTATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCt < 2:802042/148‑1 (MQ=255) 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gacaTTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGGGTTTTTACCGATGTGGATCATCGTGGTGCCGGTATCCGCTTGc > 1:3421860/4‑148 (MQ=255) gAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGc > 2:1270991/1‑148 (MQ=255) gAAAGTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGc < 2:3165824/148‑1 (MQ=255) gcgcgcATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCtgatga < 2:1155440/148‑1 (MQ=255) cATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCt > 2:729236/1‑148 (MQ=255) 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gagaTAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTaa < 1:764690/148‑1 (MQ=255) gaTAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATc > 1:3372769/1‑148 (MQ=255) aTAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAAGTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCg < 1:1753843/148‑1 (MQ=255) aTAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCg > 1:1064504/1‑148 (MQ=255) aTAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCg < 2:38763/148‑1 (MQ=255) 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ttGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGttt < 2:1565961/148‑1 (MQ=255) gtgtTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTg < 2:3696418/148‑1 (MQ=255) gtTTTTACCTATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGAt < 2:330631/148‑1 (MQ=255) gtTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGAt > 1:3564815/1‑148 (MQ=255) tttttACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGAtt > 1:3010530/1‑148 (MQ=255) aCCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTGCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGATTGCGTc > 2:1625894/1‑148 (MQ=255) | ATTAGCGCCAATCAGCATTGAGTCGCACTGAGTGAAATTGCGCGCATTGGTTGCCGTCGGCATGATTTTCACTAAGCCGCGATAACTGTTCTGACTATGTCCGGCAGAGATCCCTTTCGAGATAATGGTCGATTTGGTGTTTTTACCGATGTGGATCATCTTGGTGCCGGTATCCGCTTGCTGATGACCGCTGGTCAGCGCCACTGAGTAAAACTCACCAATGGAGTTATCGCCGCGCAAAATGCAGCTGGGATATTTCCACGTAATCGCTGACCCGGTTTCTGATTGCGTCC > CP009273/1757028‑1757320 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |