| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,875,096 | G→T | 100% | intergenic (‑80/+47) | leuE ← / ← dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,875,096 | 0 | G | T | 98.5% | 858.7 / 3.0 | 267 | intergenic (‑80/+47) | leuE/dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base T (139/124); total (140/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCT > CP009273/1874952‑1875238 | aaCACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaaa > 2:590714/1‑148 (MQ=255)aaCACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaaa < 1:1977315/148‑1 (MQ=255) acacAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATaaaa > 2:301736/1‑148 (MQ=255) cacaATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAAt < 1:1170912/148‑1 (MQ=255) acaATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATc < 1:2207529/148‑1 (MQ=255) aTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAgg > 2:2779849/1‑148 (MQ=255) tAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGt < 2:3683729/148‑1 (MQ=255) aTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTaa < 2:1168851/148‑1 (MQ=255) tGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAAc > 1:1581267/1‑148 (MQ=255) ggCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCTCGATTAAAGGTGAATATGCTAACAAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAAcc > 2:109600/1‑148 (MQ=255) ccccAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTg < 1:3178837/148‑1 (MQ=255) cccAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGa < 1:1708473/148‑1 (MQ=255) cccAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGa > 2:2400834/1‑148 (MQ=255) cctaCCAGATATGTCCAGTTATTCATAACTCCGTATTCATCGTACTCATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCTTGCTCGATTAAAGGTGTATATGCTAACCAATCTTTTGCGGCTTAGAAAGGATATAATCAGGTTTTAACCTGat < 2:1631776/145‑1 (MQ=255) cAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGata > 1:100266/1‑148 (MQ=255) cAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGata > 1:3244221/1‑148 (MQ=255) cAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGata < 1:1734684/148‑1 (MQ=255) ccAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCa > 2:622175/1‑148 (MQ=255) cAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCaa < 2:464898/148‑1 (MQ=255) cAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCaa < 2:414679/148‑1 (MQ=255) gTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATa > 1:15398/1‑148 (MQ=255) tCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATaa < 1:2882444/148‑1 (MQ=255) tCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATaa < 2:1712866/148‑1 (MQ=255) gTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGa < 1:521613/148‑1 (MQ=255) tAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGaa > 2:2946117/1‑148 (MQ=255) ttCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCAAGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCTGCTAAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATAAACCCGATAAATGAATCa > 1:822557/1‑148 (MQ=255) aaCCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAAt > 1:3665342/1‑148 (MQ=255) ccccGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCa > 1:3665430/1‑148 (MQ=255) cccGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAg > 1:2984677/1‑148 (MQ=255) cGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGc > 1:2950717/1‑148 (MQ=255) cGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGc < 2:351878/148‑1 (MQ=255) tATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCAt > 2:3466544/1‑148 (MQ=255) tATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCAt > 2:883742/1‑148 (MQ=255) tATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCAt > 1:1513150/1‑148 (MQ=255) aTTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATg < 2:3754397/148‑1 (MQ=255) ttCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGc > 2:307369/1‑148 (MQ=255) ttCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGc > 1:3050969/1‑148 (MQ=255) cAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTc < 1:2758501/148‑1 (MQ=255) gCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCa < 2:1372548/148‑1 (MQ=255) gCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCa < 1:2345566/148‑1 (MQ=255) cGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAg > 2:2251738/1‑148 (MQ=255) acaTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaa > 1:3700266/1‑148 (MQ=255) acaTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaa > 1:2003562/1‑148 (MQ=255) caTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaaa > 2:3639669/1‑148 (MQ=255) aTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaaaa < 1:1104368/148‑1 (MQ=255) aTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaaaaa < 2:3358630/148‑1 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt < 1:2506243/148‑1 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt > 2:1488820/1‑148 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt < 2:2569431/148‑1 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt > 1:3066317/1‑148 (MQ=255) tAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAtt > 1:3612340/1‑148 (MQ=255) ccTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCgg < 1:1955787/148‑1 (MQ=255) ccTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCgg < 1:2960267/148‑1 (MQ=255) ccTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCgg > 1:3340382/1‑148 (MQ=255) tctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGt > 2:2862304/1‑148 (MQ=255) tctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGt < 2:1399311/148‑1 (MQ=255) ctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAACTCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTa < 2:1609298/148‑1 (MQ=255) ctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTa > 1:2113675/1‑148 (MQ=255) ttAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGt > 1:3465952/1‑148 (MQ=255) ttAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGt > 1:1649644/1‑148 (MQ=255) aTTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCt > 1:3400210/1‑148 (MQ=255) ttATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTc < 2:1085399/148‑1 (MQ=255) ttATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTc > 2:207790/1‑148 (MQ=255) tATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCg > 2:2338913/1‑148 (MQ=255) aTCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCgg < 1:301736/148‑1 (MQ=255) aTCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCgg > 1:20452/1‑148 (MQ=255) cTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCa > 2:2958985/1‑148 (MQ=255) ttCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaaa > 2:3709546/1‑148 (MQ=255) ttCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaaa < 1:3110483/148‑1 (MQ=255) ttCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaaa > 2:2731926/1‑148 (MQ=255) tCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCaaaa < 2:828459/148‑1 (MQ=255) gATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGACAAAATa > 1:2918145/1‑148 (MQ=255) tCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACt > 1:513158/1‑148 (MQ=255) aTGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTgg > 2:1696120/1‑148 (MQ=255) cgATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTaa < 1:2622631/148‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTaaaa < 1:2946117/148‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTaaaa < 1:383937/148‑1 (MQ=255) tAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAAt > 1:2067524/1‑148 (MQ=255) aaaGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAAtt < 2:936143/148‑1 (MQ=255) aGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCt < 2:762560/148‑1 (MQ=255) aGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCt < 2:482820/148‑1 (MQ=255) ggTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTa > 2:2749551/1‑148 (MQ=255) ggTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTa < 1:230404/148‑1 (MQ=255) gAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCg < 2:2965414/148‑1 (MQ=255) tatGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTa < 2:3731404/148‑1 (MQ=255) aaCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCa < 2:3116784/148‑1 (MQ=255) aCCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCAc > 2:3315983/1‑148 (MQ=255) cAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACtt < 2:15398/148‑1 (MQ=255) cAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACtt < 1:2862304/148‑1 (MQ=255) cAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACtt > 1:490031/1‑148 (MQ=255) aTCTGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTc > 2:2377546/1‑148 (MQ=255) tGTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCt < 2:3612808/148‑1 (MQ=255) gTAGCGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTg < 1:478347/148‑1 (MQ=255) cGGCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGt > 1:390388/1‑148 (MQ=255) gCTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCg < 2:533055/148‑1 (MQ=255) cTTAGAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGc < 2:1581267/148‑1 (MQ=255) gAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGc < 1:2129028/148‑1 (MQ=255) gAAAGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGc < 2:1915764/148‑1 (MQ=255) aaaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGcc < 1:993699/148‑1 (MQ=255) aaGGATAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCt < 1:883794/148‑1 (MQ=255) | AACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCT > CP009273/1874952‑1875238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |