Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,101,912 | T→G | 100% | E385A (GAG→GCG) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,101,912 | 0 | T | G | 99.0% | 1231.9 / ‑2.8 | 313 | E385A (GAG→GCG) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base G (145/164); total (147/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
ACGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCTCTTTAAAAAGAGTTGTTAGCGGAAAAATCAACAACAAACTCAACAAACCCGCAGCGATTAAAATCTTACTGAATTCTTTCTTATAATTATGGGTCAGCATAACTTGAATGCCATAGACATTACTTAATGAAATAAGAAAAGGCA > CP009273/2101767‑2102056 | aCGTCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct < 1:3348115/148‑1 (MQ=255) aCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct < 1:23730/148‑1 (MQ=255) aCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct > 1:2591007/1‑148 (MQ=255) aCGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATcgct < 1:1895242/148‑1 (MQ=255) cGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCtt > 1:3461150/1‑148 (MQ=255) cGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCtt < 1:635321/148‑1 (MQ=255) cGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCtt > 1:377959/1‑148 (MQ=255) ccAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATCTTATTGCTGCACCAATCGCTTTaaaa > 1:2042777/1‑148 (MQ=255) caaacaaaCCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTaaaaa > 1:382168/1‑148 (MQ=255) caaacaaaCCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTaaaaa > 1:2962069/1‑148 (MQ=255) aaacaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAag > 2:1884050/1‑148 (MQ=255) aacaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAaga < 2:1525505/148‑1 (MQ=255) aacaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAaga < 2:304601/148‑1 (MQ=255) acaaacCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCGCTTTAAAAagag < 2:268171/148‑1 (MQ=255) 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cAATCGCTTTAAAAAGAGTTGTTAGCGGAAAAATCAACAACAAACTCAACAAACCCGCAGCGATTAAAATCTTACTGAATTCTTTCTTATAATTATGGGTCAGCATAACTTGAATGCCATAGACATTACTTAATGAAATAAGAAAAgg < 1:2104565/148‑1 (MQ=255) | ACGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAAATCCTCAGCAAACCAGTAATTTATTATTTCTTACGAACATCAGCATGAGTGACGTAACTAAGCACTCTGTTGCAAGCAATGTTATTGCTGCACCAATCTCTTTAAAAAGAGTTGTTAGCGGAAAAATCAACAACAAACTCAACAAACCCGCAGCGATTAAAATCTTACTGAATTCTTTCTTATAATTATGGGTCAGCATAACTTGAATGCCATAGACATTACTTAATGAAATAAGAAAAGGCA > CP009273/2101767‑2102056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |