Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,263,137 | C→A | 100% | intergenic (+91/‑321) | lpxT → / → mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,263,137 | 0 | C | A | 98.2% | 711.1 / 3.4 | 222 | intergenic (+91/‑321) | lpxT/mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base A (130/88); total (133/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAA > CP009273/2262992‑2263279 | cACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAaataat > 2:1351195/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCTCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAAtt > 2:2956245/1‑148 (MQ=255) cTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtct < 1:195115/148‑1 (MQ=255) ttttttGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtctc > 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tCTATCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGc > 1:3178830/1‑148 (MQ=255) tCGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCa > 2:3445129/1‑148 (MQ=255) cGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCaa > 1:607303/1‑148 (MQ=255) cGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCaa < 2:3574646/148‑1 (MQ=255) cGAACGCAAAAATAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCaa < 2:1507412/148‑1 (MQ=255) 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aaaaTAATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTaa > 1:1305735/1‑148 (MQ=255) | CACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAA > CP009273/2262992‑2263279 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |