Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,359,673 | G→T | 100% | M89I (ATG→ATT) | arnB → | uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,359,673 | 0 | G | T | 100.0% | 646.7 / ‑6.7 | 196 | M89I (ATG→ATT) | arnB | uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (108/87); minor base A (1/0); total (109/87) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATT > CP009273/2359528‑2359817 | cTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAAtattat < 1:3143460/148‑1 (MQ=255) tttttGCCAGTTGACGGGACATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATattatt < 2:2496309/148‑1 (MQ=255) ttttGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTAttt < 1:1355514/148‑1 (MQ=255) ttttGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTAttt < 2:823694/148‑1 (MQ=255) tttGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTc < 1:3245542/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTcc < 2:488292/148‑1 (MQ=255) tGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCt > 1:233360/1‑148 (MQ=255) ccAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCttg < 2:3678014/148‑1 (MQ=255) ccAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCttg < 2:3120594/148‑1 (MQ=255) gACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGt > 1:1275492/1‑148 (MQ=255) ggAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCaa < 2:1654585/148‑1 (MQ=255) gAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAAc > 2:625513/1‑148 (MQ=255) aaaTCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACg < 1:57264/148‑1 (MQ=255) gCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTa > 2:3067806/1‑148 (MQ=255) gCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATAGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCACTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCAATTTTGGGTGCAACGCCGGTa > 1:3171409/1‑148 (MQ=255) cATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTaa < 2:2864694/148‑1 (MQ=255) cATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTaa < 2:805725/148‑1 (MQ=255) cATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTaa > 1:886519/1‑148 (MQ=255) tGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAAtg < 2:384751/148‑1 (MQ=255) gCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAAtgg < 2:3293930/148‑1 (MQ=255) gCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAAtgg < 2:1821674/148‑1 (MQ=255) gCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAAtgg > 1:1568063/1‑148 (MQ=255) cgGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGt < 2:264439/148‑1 (MQ=255) ggTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTc > 2:630890/1‑148 (MQ=255) 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aGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGAt < 1:3609540/148‑1 (MQ=255) gCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATa < 2:1845916/148‑1 (MQ=255) ccACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATAc > 2:1769749/1‑148 (MQ=255) ccACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATAc > 2:1454862/1‑148 (MQ=255) ccACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATAc > 2:1769698/1‑148 (MQ=255) ccACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATAc > 2:806887/1‑148 (MQ=255) gAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGt > 1:401693/1‑148 (MQ=255) gAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGt > 1:3364518/1‑148 (MQ=255) tGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTGGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCAc > 1:294237/1‑148 (MQ=255) cATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGc > 1:923996/1‑148 (MQ=255) atatCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGcc < 1:2080171/148‑1 (MQ=255) atCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTg > 2:1695016/1‑148 (MQ=255) cACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTCATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGaa > 1:3010441/1‑148 (MQ=255) cGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGc < 2:1784606/148‑1 (MQ=255) gCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCt > 2:211789/1‑148 (MQ=255) aaTGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATc > 2:96557/1‑148 (MQ=255) aTGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGAGATGAAGTGAGTAAGCCTTGCCTGACCTGTGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCg < 2:1164313/148‑1 (MQ=255) ggCTTTGTAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGAGCTTGGTTTCAACACTAATTAGTATTTCCTTGTTTGGTGCATCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCTCGCCTGAAGCTATCGAg < 2:2648166/148‑1 (MQ=255) ggCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAg < 2:731255/148‑1 (MQ=255) gCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGt < 1:3071581/148‑1 (MQ=255) tGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGc > 1:870080/1‑148 (MQ=255) tGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACg > 2:257610/1‑148 (MQ=255) aGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACg > 2:3800112/1‑148 (MQ=255) aGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACg < 1:804745/148‑1 (MQ=255) gggCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGc > 1:1012422/1‑148 (MQ=255) 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aaGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc < 2:840612/148‑1 (MQ=255) aaGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc > 2:774920/1‑148 (MQ=255) aaGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc > 2:1387348/1‑148 (MQ=255) aaGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGc > 2:1388330/1‑148 (MQ=255) gTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCca > 2:1963322/1‑148 (MQ=255) 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tGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTa > 1:689851/1‑148 (MQ=255) tGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTa > 1:2607474/1‑148 (MQ=255) gACCTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTAt > 2:846195/1‑148 (MQ=255) ccTGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGc > 2:2751082/1‑148 (MQ=255) tGGGTTTCAACCCTCAATATTATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCg > 1:1837154/1‑148 (MQ=255) 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tattatTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATAtt > 1:2520243/1‑148 (MQ=255) | CTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATT > CP009273/2359528‑2359817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |