| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,400,858 | C→A | 100% | intergenic (‑738/‑182) | lrhA ← / → alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/valine‑pyruvate aminotransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,400,858 | 0 | C | A | 97.4% | 973.3 / 13.5 | 309 | intergenic (‑738/‑182) | lrhA/alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/valine‑pyruvate aminotransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base A (145/156); total (151/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CGCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACGG > CP009273/2400713‑2401002 | cGCATTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGAATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAAt < 2:2325869/148‑1 (MQ=255) gTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTaa < 1:1326447/148‑1 (MQ=255) gTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTaa < 2:1838436/148‑1 (MQ=255) ttAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTaaa > 1:3604167/1‑148 (MQ=255) aaCTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCa < 1:1663342/148‑1 (MQ=255) aCTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAC‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCat > 2:1870287/1‑148 (MQ=255) tcCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATac < 2:2218394/148‑1 (MQ=255) ccGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGATAAAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATTAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATac < 2:1907533/148‑1 (MQ=255) ccGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATaca < 2:2116089/148‑1 (MQ=255) ccGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATaca > 2:765875/1‑148 (MQ=255) ccGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCAATAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGATAAAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATTAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATac < 2:3504705/148‑1 (MQ=255) tGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCat > 1:1430795/1‑148 (MQ=255) tGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAAGTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCat < 2:2670265/148‑1 (MQ=255) gAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCatt > 1:3249586/1‑148 (MQ=255) gAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCatt > 1:484593/1‑148 (MQ=255) gAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCatt < 1:332688/148‑1 (MQ=255) gAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCatt < 1:1537603/148‑1 (MQ=255) gAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCattatt > 2:1702297/1‑148 (MQ=255) gAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCattatt < 2:471063/148‑1 (MQ=255) aaaTATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTAttt < 1:536650/148‑1 (MQ=255) atatCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTg < 1:2945650/148‑1 (MQ=255) tatCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATAAACCTCATTATTTTGt > 2:3374066/1‑148 (MQ=255) atcatcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTc < 2:2864024/148‑1 (MQ=255) atcatcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTc < 1:1570744/148‑1 (MQ=255) tcatcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCa > 1:1988531/1‑148 (MQ=255) catcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACAcc > 2:2979217/1‑133 (MQ=255) catcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCat > 2:334215/1‑148 (MQ=255) atcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCatt < 2:269821/148‑1 (MQ=255) catcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCattat > 2:3676162/1‑148 (MQ=255) catcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCattat < 2:3715184/148‑1 (MQ=255) tcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCAttatta < 2:1324680/148‑1 (MQ=255) gcgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAg < 2:3604167/148‑1 (MQ=255) gcgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAg < 2:1087997/148‑1 (MQ=255) gTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGtt < 1:676683/148‑1 (MQ=255) tttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAC‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGtta > 2:1219756/1‑148 (MQ=255) ttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttat > 1:1950032/1‑148 (MQ=255) ttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttat < 1:3656053/148‑1 (MQ=255) ttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttat < 2:2030094/148‑1 (MQ=255) cATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttatta < 2:3100005/148‑1 (MQ=255) aTTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTaa > 2:1401172/1‑148 (MQ=255) gTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGc > 2:2130791/1‑148 (MQ=255) tGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGca > 2:2773282/1‑148 (MQ=255) tGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGca < 1:1081893/148‑1 (MQ=255) aaTTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGcaca > 1:1717937/1‑148 (MQ=255) aTTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACaa < 1:1552910/148‑1 (MQ=255) ttCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAAt > 1:2550404/1‑148 (MQ=255) aTGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCt > 1:2143639/1‑148 (MQ=255) gCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTcccc > 1:2671897/1‑148 (MQ=255) gCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTcccc < 1:3403400/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 1:400046/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 1:2491555/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 1:2000467/148‑1 (MQ=255) tttCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTg > 1:1200935/1‑148 (MQ=255) aTTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCt > 1:3048956/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 1:3461686/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 2:703258/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 2:224706/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 1:2126936/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 2:2618750/1‑148 (MQ=255) tATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTa < 1:1517237/148‑1 (MQ=255) aTCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTAt > 2:3486913/1‑148 (MQ=255) tCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTAtt > 2:6030/1‑148 (MQ=255) cTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTc > 1:2224756/1‑148 (MQ=255) cTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTc > 2:2819783/1‑148 (MQ=255) gAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTGAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGa > 2:177843/1‑148 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTGAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAc > 1:3668049/1‑148 (MQ=255) aaaaaaaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCt < 1:2210878/148‑1 (MQ=255) aaaaaaCCAGACTTACACTTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCtt < 2:3162049/148‑1 (MQ=255) aaaaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCa > 1:2338144/1‑148 (MQ=255) aaaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCaa > 2:890004/1‑148 (MQ=255) aaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCaaa > 2:1492205/1‑148 (MQ=255) aaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCaaa > 2:1540644/1‑148 (MQ=255) aCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAcc > 1:1633951/1‑141 (MQ=255) aCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAcc < 2:1633951/141‑1 (MQ=255) gACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACAcc > 2:1044629/1‑148 (MQ=255) aCTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCg > 1:2773721/1‑148 (MQ=255) aCTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCg > 1:2290193/1‑148 (MQ=255) ttAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTgggg > 1:3528143/1‑148 (MQ=255) ttAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTgggg < 2:2144374/148‑1 (MQ=255) tAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTggggg < 2:556943/148‑1 (MQ=255) tAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTggggg > 1:82251/1‑148 (MQ=255) aaTCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTa > 2:699763/1‑148 (MQ=255) aaTCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTa > 1:2377944/1‑148 (MQ=255) aaTCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTa > 1:593658/1‑148 (MQ=255) tCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACa > 1:724924/1‑148 (MQ=255) aaCAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGt > 2:1176306/1‑148 (MQ=255) aCAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGtt > 1:903174/1‑148 (MQ=255) aCAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGtt < 2:3167938/148‑1 (MQ=255) ttCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTGAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTaa > 1:3782795/1‑148 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAg < 2:3329174/148‑1 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAg > 2:3776020/1‑148 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAg > 2:2379797/1‑148 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAg < 2:2274627/148‑1 (MQ=255) cACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGc > 1:325927/1‑148 (MQ=255) aCTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCt > 1:3572173/1‑148 (MQ=255) atataACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGAc < 2:825865/148‑1 (MQ=255) ataACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACtt < 2:2750255/148‑1 (MQ=255) aaCATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTGAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTcc < 1:177843/148‑1 (MQ=255) aaCATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTcc > 1:3141297/1‑148 (MQ=255) ttGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACgg > 1:1911530/1‑148 (MQ=255) | CGCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACGG > CP009273/2400713‑2401002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |