Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 100% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 99.2% | 450.9 / ‑4.0 | 144 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (75/67); total (76/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGA > CP009273/2665627‑2665916 | tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGTCCGCTGCCGTTGGGTGATGCACTGGGATaa > 2:1162229/1‑148 (MQ=255) tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa < 1:372022/148‑1 (MQ=255) tCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATaa > 2:3073120/1‑148 (MQ=255) gCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgc > 2:2500906/1‑148 (MQ=255) ttCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgc < 1:3412923/148‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgct < 2:3139645/148‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACgctgct < 2:3140891/148‑1 (MQ=255) tCCGGTGT‑ACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCtt < 1:2637983/148‑1 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCTGCCGTTGGTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTAcc > 2:359986/1‑148 (MQ=255) aCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGGTGCTTGATGCACAGGGATAAAGCGGCGTTTCCCAAc > 2:978937/1‑148 (MQ=255) ccATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGGGCGACCGCGGCCGGTGCGTGATTGACAGGGCTAACCCTGCGTTACCCCAcc > 1:442538/1‑147 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGGGCGACCGCGGCCGGTGGTTGTTGCACGGGGGTAACGCGGGGTTAccaaacccc > 1:80945/1‑141 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCGTGATGCACTGGGGTAACGCGGCTTTACCCTAAGcc > 2:1692154/1‑148 (MQ=255) tCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGGGCGCCCGCTGGCGGTGCTTGATTGACGGGGCGAACCCAGCTTTTCCCTACGccc > 1:546592/1‑147 (MQ=255) tCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCa < 1:1063683/148‑1 (MQ=255) cAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCGTTACCCAACGccca > 2:1777165/1‑146 (MQ=255) aaaaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATg < 1:1390690/148‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGc < 2:507519/148‑1 (MQ=255) aaaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGc < 2:2607290/148‑1 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCgg < 1:1648510/148‑1 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCgg < 2:1831463/148‑1 (MQ=255) gCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGt < 1:2811729/148‑1 (MQ=255) gggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGCGCTCGACCCCTGCCGGTGGTTGGTTCAAAGGGGTAACGCTGGTTTAACCTACGCCCTGCCGGTgtt > 1:1420390/1‑146 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGGTGGATGCACTGGGATAAAGCTGCTTTAACCGACCCCATGCCGGTGATg > 2:383799/1‑148 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATg < 1:3165494/148‑1 (MQ=255) cgcgACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATgccg < 2:2385086/148‑1 (MQ=255) acacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAg < 1:192330/148‑1 (MQ=255) acacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAg < 1:1448857/148‑1 (MQ=255) acacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAg < 1:1448809/148‑1 (MQ=255) cacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACt > 2:2864332/1‑148 (MQ=255) acGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGGTTGATGCACTGGGATAAAGCTGCGTTACCCGACGCCCTGCCGGTGATGCCGCCAGAcag > 1:3151298/1‑146 (MQ=255) agagTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCGCGGCCGGTGCTTGTTTCACTGGGGTAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGGGTTGCCGCCCGACAGCgc > 1:3435964/1‑147 (MQ=255) agTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCgaga < 2:269381/148‑1 (MQ=255) ttAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAg > 2:844752/1‑148 (MQ=255) ttAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAg > 2:844454/1‑148 (MQ=255) ttAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGCCCGCTGCCCGTGGGTGATGCACAGGGATAACGCTGCGTTACCCAACGCCAAGCCCGTGATTCCGCCACACTGCGCGAAg > 2:765125/1‑148 (MQ=255) tAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGt < 1:380178/148‑1 (MQ=255) aGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGtt < 1:3077957/148‑1 (MQ=255) aGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGtt < 1:3311048/148‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 1:781364/148‑1 (MQ=255) tgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCt > 2:2313948/1‑148 (MQ=255) tgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCt > 2:3371861/1‑148 (MQ=255) aaCCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCCACCCCGGCCGGTGCGTGATGCACTGGGTTAAAGCTGCTTTACCCTACCCCATGCCGGTGATGCCCCCACACAGCGAGAAGTTCTTCAg > 2:377286/1‑148 (MQ=255) aCCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGc > 2:1430793/1‑148 (MQ=255) ccAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGcc < 1:1338472/148‑1 (MQ=255) ccAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACAGGGATAACGCTGCTTTAACCTACGCCATGCCGGTGATTCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGcc > 2:586182/1‑148 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCCTTGCGTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa > 2:2497795/1‑148 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCa < 1:1054873/148‑1 (MQ=255) aaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCa < 1:2275469/148‑1 (MQ=255) aGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGCCCGCTGCCGTTGCTTGATGCACAGGGATAACGCTGCTTTACCCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCACACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAg > 2:1275309/1‑148 (MQ=255) ggCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGt < 2:831139/148‑1 (MQ=255) ggCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGt < 2:830730/148‑1 (MQ=255) aCTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAt < 2:3583836/148‑1 (MQ=255) aCTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAt < 2:2302114/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt < 2:1290584/148‑1 (MQ=255) ggATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTTCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACAGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGGGATTAta > 2:3575098/1‑147 (MQ=255) ggATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATc < 1:2313948/148‑1 (MQ=255) aTCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCgg < 2:1125034/148‑1 (MQ=255) tCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCACGACCGCCGCCGTTGCTTGATGCACTGGGCTAACGCTGCGTTACCCAACGCCAAGCCGGGGCTGCCGCCCCACAGCGCGAACTTCTGCAGCCCCCACGGGCAGGCGTGCTTATCGGt > 2:177263/1‑148 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCAAGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg > 2:2174753/1‑148 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg < 2:2902771/148‑1 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTAGACCGCTGCCCTTTGGTGATGCCCAGGGGTAACGCAGCTGTAACCTACGCCAAGCCGGTGATTCCGCCCGACTTCGAGAAGTTCTTCAGCCCCAAAGGTCAGTCGTGATTATAGGGGCCggg > 2:3066315/1‑147 (MQ=255) tttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGaa < 2:580027/148‑1 (MQ=255) gaGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAt < 2:2792831/147‑1 (MQ=255) 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cAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGACGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGc > 2:2535157/1‑148 (MQ=255) cAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGc > 1:3611511/1‑148 (MQ=255) cAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGGTCTGCAGCCCGAACGGTCAGGCGTGATTATCGGTGGCGGAACTATTGGTGTGGAACTGGc > 1:3611381/1‑148 (MQ=255) gCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTg > 1:3761650/1‑148 (MQ=255) cGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCa > 2:3810811/1‑148 (MQ=255) gACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAg > 1:1744375/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:3433823/1‑148 (MQ=255) cTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCa > 2:2682126/1‑148 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 1:2087996/1‑148 (MQ=255) ttGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagc > 1:1895098/1‑148 (MQ=255) tGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg > 2:148338/1‑148 (MQ=255) tGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg > 2:203945/1‑148 (MQ=255) tGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg > 1:2607940/1‑148 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa > 1:1761425/1‑148 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:2864332/148‑1 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa > 2:888321/1‑148 (MQ=255) tGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa > 1:1255199/1‑148 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg > 1:313665/1‑148 (MQ=255) aTGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg > 2:2377582/1‑148 (MQ=255) gCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTa > 1:1594981/1‑148 (MQ=255) cACTTGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAAATATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGAAGATGTaa < 2:1829134/148‑1 (MQ=255) cACTGTGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTaa < 2:2008374/148‑1 (MQ=255) cTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg > 1:606014/1‑148 (MQ=255) cTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg > 1:3295180/1‑148 (MQ=255) gggATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTg > 2:1625842/1‑148 (MQ=255) ggATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGa < 2:1612599/148‑1 (MQ=255) | TCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGA > CP009273/2665627‑2665916 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |