Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 2,751,558 | G→T | 100% | T134T (ACC→ACA) | yfjH ← | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,751,558 | 0 | G | T | 97.8% | 883.9 / 8.0 | 278 | T134T (ACC→ACA) | yfjH | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/0); new base T (131/141); total (137/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGT > CP009273/2751414‑2751701 | tGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTaa < 1:2286873/148‑1 (MQ=255) gAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg < 2:209715/148‑1 (MQ=255) gAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg > 1:1519740/1‑148 (MQ=255) gAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg < 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gATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCat < 1:1769177/148‑1 (MQ=255) aTTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCata < 2:587328/148‑1 (MQ=255) tttCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCAtata < 1:760697/148‑1 (MQ=255) tttCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCAtata > 1:3311783/1‑148 (MQ=255) ttCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATaa > 1:955379/1‑148 (MQ=255) 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ccTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGt < 2:2938861/148‑1 (MQ=255) | ATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGT > CP009273/2751414‑2751701 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |