Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,825,783 | C→T | 100% | intergenic (‑135/‑52) | norR ← / → norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,825,783 | 0 | C | T | 100.0% | 923.4 / NA | 280 | intergenic (‑135/‑52) | norR/norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (152/128); total (152/128) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTG > CP009273/2825638‑2825924 | gAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTg > 2:445959/1‑148 (MQ=255) gAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTg > 2:2828180/1‑148 (MQ=255) aaaaCTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCa > 2:1239982/1‑148 (MQ=255) aaaCTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCa < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |