Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 2,879,449 | G→T | 100% | S377* (TCA→TAA) | ygcB ← | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,879,449 | 0 | G | T | 99.3% | 879.4 / ‑3.5 | 266 | S377* (TCA→TAA) | ygcB | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (133/131); total (134/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTCC > CP009273/2879304‑2879593 | aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTaa > 1:1920218/1‑148 (MQ=255) tCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAt < 1:1301451/148‑1 (MQ=255) tCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAt > 2:3608998/1‑148 (MQ=255) cAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAtt > 1:1188777/1‑148 (MQ=255) aaTCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTg < 2:3810626/148‑1 (MQ=255) gCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGa > 1:623937/1‑148 (MQ=255) gCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGa > 1:2225700/1‑148 (MQ=255) aaCGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCa > 1:2281083/1‑148 (MQ=255) cGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAg > 1:105501/1‑148 (MQ=255) 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tCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATaa < 2:1280932/148‑1 (MQ=255) cTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAg < 2:895049/148‑1 (MQ=255) ttATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGt < 1:3715255/148‑1 (MQ=255) ttGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgc > 1:1664423/1‑148 (MQ=255) tGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgct > 2:3587387/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |