Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,894,334 | C→A | 5.0% | G128G (GGC→GGA) | yqcE → | MFS transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,894,334 | 0 | C | A | 5.0% | 997.5 / 17.3 | 258 | G128G (GGC→GGA) | yqcE | MFS transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/127); new base A (9/4); total (127/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TTCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTAT > CP009273/2894187‑2894481 | ttCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGc > 1:3310571/1‑148 (MQ=255) cgcgATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGAt > 1:521514/1‑148 (MQ=255) gcgATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATc < 2:238433/148‑1 (MQ=255) tgatCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTTCATCGTTGCTTGGCGATCATAg > 1:3402824/1‑148 (MQ=255) tgatCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAg > 1:2392811/1‑148 (MQ=255) tgatCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAg < 2:3244702/148‑1 (MQ=255) atCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCg < 2:3007227/148‑1 (MQ=255) atCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCg < 1:1754443/148‑1 (MQ=255) tCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGa > 1:2609759/1‑148 (MQ=255) ttACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCa > 2:2073072/1‑148 (MQ=255) ttACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCa < 1:2306875/148‑1 (MQ=255) cccGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCGGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAg > 2:723146/2‑148 (MQ=255) aCCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAg < 1:7704/148‑1 (MQ=255) ccGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAgg > 2:542948/1‑148 (MQ=255) 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gCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACgg < 1:1047113/148‑1 (MQ=255) gCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACgg < 2:2168085/148‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTc < 1:3545842/148‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCGGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTACTGTCGCTGGCGGTGTGTACCATGGGGGTGTTTGCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAACACGGTc > 2:1897846/1‑148 (MQ=255) ttGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTa > 2:3388159/1‑148 (MQ=255) tGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTat > 2:3616840/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatc < 2:2346390/148‑1 (MQ=255) ttGGAGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcat < 2:178366/148‑1 (MQ=255) tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcatc > 1:2739269/1‑148 (MQ=255) ggCGATCATAGCGAGCTAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCt < 2:1019466/148‑1 (MQ=255) cGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCtat < 2:3324999/148‑1 (MQ=255) | TTCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTAT > CP009273/2894187‑2894481 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |