Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,921,245 | G→T | 100% | intergenic (+214/‑343) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,921,245 | 0 | G | T | 99.7% | 935.6 / ‑4.5 | 283 | intergenic (+214/‑343) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (153/129); total (154/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATGGGCAAATATTGCCCTTAAATTCTCTTTTACTTTTGATTTACAGAGTAAAGCGTTGGGATAATCTATCTT > CP009273/2921102‑2921392 | ttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAAc < 1:3197629/148‑1 (MQ=255) ttATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaa > 1:2640948/1‑148 (MQ=255) tataTGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaa < 1:3333318/148‑1 (MQ=255) atatGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaaa > 2:2790210/1‑148 (MQ=255) atGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGt > 1:969618/1‑148 (MQ=255) atGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGt > 1:3422247/1‑148 (MQ=255) tGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTa < 2:2019290/148‑1 (MQ=255) tGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTa > 1:3025848/1‑148 (MQ=255) aTGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTg < 1:3179509/148‑1 (MQ=255) aTGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTg > 2:657646/1‑148 (MQ=255) aTGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTg > 1:1319965/1‑148 (MQ=255) gTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTCTTGAt > 2:2486175/1‑148 (MQ=255) gTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGAt < 2:2722686/148‑1 (MQ=255) accaccCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCa > 2:1093082/1‑148 (MQ=255) cccTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTc > 1:2586321/1‑148 (MQ=255) cccTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTc > 2:164428/1‑148 (MQ=255) ccTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCa > 1:3616150/1‑148 (MQ=255) cTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCaa < 2:3682618/148‑1 (MQ=255) tCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAAc > 2:1412128/1‑148 (MQ=255) 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cAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatat > 2:1252127/1‑148 (MQ=255) cAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatat < 2:1044656/148‑1 (MQ=255) aaaTATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatata < 1:2906944/148‑1 (MQ=255) atatCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTCCATATAtt > 1:3695164/1‑148 (MQ=255) atatCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATAtt > 1:1200724/1‑148 (MQ=255) atatCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATAtt > 2:2150415/1‑148 (MQ=255) tataATCACAGTTAATATGTAATACAATTTATGTTGCAACGAAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTg < 1:1800579/148‑1 (MQ=255) tatCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTg > 2:911232/1‑148 (MQ=255) atcatcACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTgc > 2:738548/1‑148 (MQ=255) atcatcACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTgc > 2:2695072/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |