Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 253,855 | G→T | 100% | R281L (CGT→CTT) | frsA → | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 253,855 | 0 | G | T | 96.8% | 669.4 / 12.1 | 219 | R281L (CGT→CTT) | frsA | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/4); new base T (103/108); total (107/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATACCCTGTTGAGTGATTTTAAGTGCCAGCAACAGGTGCCGGAAATGTATCTTGACGTTCTGGCCAGTCGTTTGGGGATGCATGA > CP009273/253710‑253999 | tGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCt > 2:2730157/1‑148 (MQ=255) ggCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTgg > 2:1737401/1‑148 (MQ=255) ggCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTgg > 1:3468040/1‑148 (MQ=255) gCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGc < 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cAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGCATACCTTGa > 1:816409/1‑148 (MQ=255) cAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGCATACCTTGa < 2:3390043/148‑1 (MQ=255) cAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGCATACCTTGa < 1:1142690/148‑1 (MQ=255) aaaTGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGCATACCTTGAAt < 2:2236742/148‑1 (MQ=255) aaTGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCTTCTGGCATACCTTGAATc > 2:260057/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |