| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,182,290 | 0 | A | T | 5.6% | 862.9 / 7.6 | 304 | pseudogene (1511/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (158/120); new base T (2/24); total (160/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
ATGAATATATCAATGACACTAACCATTACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGATTTTGATATCGGGCCATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCGAATAAACTGGGAAGAAGACAACCAGGATCAACTGTACCTAAATATTTCGATTCCCTGGGGAACTAG > CP009273/3182143‑3182437 | atgaatATATCAATGACACTAACCATTACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTaa < 1:1562466/148‑1 (MQ=255) tgaatATATCAATGACACTAACCATTACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAAt > 1:616680/1‑148 (MQ=255) tatatCAATGACACTAACCATTACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGa < 2:3003620/148‑1 (MQ=255) atatCAATGACACTAACCATTACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGaa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |