Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,238,283 | C→A | 100% | intergenic (‑183/‑180) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,238,283 | 0 | C | A | 98.6% | 940.9 / 2.5 | 290 | intergenic (‑183/‑180) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/4); new base A (147/139); total (147/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGG > CP009273/3238141‑3238425 | tGCGATGCTGACAAATTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTa < 2:2498171/148‑1 (MQ=255) gCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTcc > 1:2837128/1‑148 (MQ=255) cTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTccc < 2:1734583/148‑1 (MQ=255) cTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTccc > 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ttATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAatat < 1:2659506/148‑1 (MQ=255) tCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTcc < 1:3236650/148‑1 (MQ=255) cacaCCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTccc > 1:1577870/1‑148 (MQ=255) acacCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCca > 2:2060028/1‑148 (MQ=255) cacCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTCATGTCCCTACAAATATTCCcac > 2:3256588/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |