Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,277,142 | C→A | 15.1% | P214Q (CCG→CAG) | kbaY → | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,277,142 | 0 | C | A | 15.1% | 716.7 / 71.8 | 232 | P214Q (CCG→CAG) | kbaY | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (91/106); new base A (18/17); total (109/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTC > CP009273/3276997‑3277287 | ctgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCgg < 1:3365200/148‑1 (MQ=255) ctgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCgg > 2:464708/1‑148 (MQ=255) gactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGAt > 2:2395342/1‑148 (MQ=255) ctgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGa < 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cGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAAttt > 2:2017366/1‑148 (MQ=255) tCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGt < 1:1018198/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCg < 1:797022/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCAc > 2:2458033/1‑148 (MQ=255) gCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTa < 2:3063111/148‑1 (MQ=255) 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aTGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCg < 2:1740822/148‑1 (MQ=255) tGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGt < 2:2202443/148‑1 (MQ=255) gTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGtta < 1:529857/148‑1 (MQ=255) gTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGtta < 1:2879147/148‑1 (MQ=255) tGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttat < 1:2526108/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGttatt < 2:279728/148‑1 (MQ=255) cGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATg > 1:3238052/1‑148 (MQ=255) cGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATg > 1:3264132/1‑148 (MQ=255) cGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATg < 1:1697844/148‑1 (MQ=255) aTGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATgcg < 1:2804726/148‑1 (MQ=255) aTGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATgcg > 1:2688925/1‑148 (MQ=255) | CTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTC > CP009273/3276997‑3277287 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |