| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,334,464 | C→A | 100% | S277R (AGC→AGA) | yrbG → | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,334,464 | 0 | C | A | 96.3% | 737.7 / 17.1 | 245 | S277R (AGC→AGA) | yrbG | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base A (130/106); total (134/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGAA > CP009273/3334319‑3334608 | tAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGt > 1:3577856/1‑148 (MQ=255)tAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGACAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGt > 1:3088767/1‑148 (MQ=255) gggggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATg < 2:562446/148‑1 (MQ=255) gggggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATg < 2:3045422/148‑1 (MQ=255) ggggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGt < 2:2873969/148‑1 (MQ=255) ggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTg < 2:2914375/148‑1 (MQ=255) ggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTNGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTg < 1:1938003/148‑1 (MQ=255) aGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGc > 2:1956382/1‑148 (MQ=255) gTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGTCGCAATCATTTTTAATATAGTCATAGAGTTGGGTTTACCCGCGATGATAACGCCAGGAGAGATAGTTCCACTCGCGTACAGTCGTGACTCCAGAGAGATGTTTATGGTGAGCat > 2:1238703/1‑148 (MQ=255) 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aaCGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAttt > 2:3110716/1‑148 (MQ=255) aCGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAtttt < 2:3235930/148‑1 (MQ=255) aCGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAtttt > 1:1454968/1‑148 (MQ=255) cATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCg < 2:2373048/148‑1 (MQ=255) aTTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGt > 2:1759819/1‑148 (MQ=255) 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tGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTcc > 2:1105094/1‑148 (MQ=255) tGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTcc > 2:1105354/1‑148 (MQ=255) aCATTTTTAATATTGTCATCTTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTAAAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGATGTGCTGGCGGCGCTCCCAGCAAcc > 2:3804842/1‑148 (MQ=255) tttttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCggg > 1:1062463/1‑148 (MQ=255) tttttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCggg > 2:1279521/1‑148 (MQ=255) 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tGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTattatt > 1:1196295/1‑148 (MQ=255) gggTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTAttatta < 2:2323188/148‑1 (MQ=255) ggTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGTATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTaa > 2:2753366/1‑148 (MQ=255) ggTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTaa < 2:620330/148‑1 (MQ=255) tttACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACt > 1:2807210/1‑148 (MQ=255) 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agaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACCGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAt > 2:1331685/1‑148 (MQ=255) agaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAt > 1:848512/1‑148 (MQ=255) agaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAt < 1:3138741/148‑1 (MQ=255) agaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAt > 2:2560912/1‑148 (MQ=255) ttGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAtgtt > 1:3025620/1‑148 (MQ=255) 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cAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGaa > 2:614661/1‑148 (MQ=255) | TAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGAA > CP009273/3334319‑3334608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |