| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,343,975 | C→A | 100% | noncoding (40/121 nt) | arcZ → | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,343,975 | 0 | C | A | 97.5% | 774.5 / 8.5 | 248 | noncoding (40/121 nt) | arcZ | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/1); new base A (150/91); total (156/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTC > CP009273/3343830‑3344119 | tttCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTcataat > 1:3041431/1‑148 (MQ=255) cAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCAtaataataa > 1:3568961/1‑148 (MQ=255) aaTTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATaataataat < 1:2186972/148‑1 (MQ=255) aaTTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATaataataat < 1:1020802/148‑1 (MQ=255) ttGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAAttt > 1:540945/1‑148 (MQ=255) tGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGgc > 2:975075/1‑148 (MQ=255) cacaTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGc > 2:448352/1‑148 (MQ=255) cacaTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGc > 2:2358620/1‑148 (MQ=255) acaTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGcc > 2:379089/1‑148 (MQ=255) caTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCa < 2:2973416/148‑1 (MQ=255) aTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCaa > 2:2126439/1‑148 (MQ=255) tAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGa < 1:924836/148‑1 (MQ=255) tAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGa > 1:2106594/1‑148 (MQ=255) tAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGa > 2:1276743/1‑148 (MQ=255) tttttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGAttt < 1:1514579/148‑1 (MQ=255) tttttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGAttt > 1:1227461/1‑148 (MQ=255) ttttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTc > 2:3290494/1‑148 (MQ=255) ttttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTc > 1:3433376/1‑148 (MQ=255) tttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTGACTCATAATAATAATTTTCGGCGCAGCCAAgtgttcg > 1:2634140/1‑142 (MQ=255) tttttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTcc < 1:485527/148‑1 (MQ=255) ttAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTg > 1:330943/1‑148 (MQ=255) taataaAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTgg > 2:558781/1‑148 (MQ=255) taaAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGgtgt < 2:1013797/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGtt > 2:178263/1‑148 (MQ=255) aTGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGgcg > 2:2756496/1‑148 (MQ=255) aTGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGgcg > 1:779643/1‑148 (MQ=255) tGGTACGCACCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGgcgc > 1:1662726/1‑148 (MQ=255) aCGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTa < 1:3696109/148‑1 (MQ=255) cATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTc > 1:989881/1‑148 (MQ=255) cacacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTcgcg > 1:1668789/1‑148 (MQ=255) cacacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTcgcg < 1:2388659/148‑1 (MQ=255) cacacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTcgcg < 1:2388740/148‑1 (MQ=255) cacacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTAGTcgcg > 1:2845819/1‑148 (MQ=255) acacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCgcgc > 2:589809/1‑148 (MQ=255) cacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAAtt > 2:2685201/1‑102 (MQ=255) cacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAAtt < 1:2685201/102‑1 (MQ=255) cacaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCa > 1:2246378/1‑148 (MQ=255) acaTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCAc > 1:2697656/1‑148 (MQ=255) caTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCAcc > 1:1169969/1‑148 (MQ=255) aTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCAccc < 2:2437404/148‑1 (MQ=255) aTTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCAccc > 2:3360740/1‑148 (MQ=255) ttAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCg > 1:2561853/1‑148 (MQ=255) aaCTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGt < 2:1862030/148‑1 (MQ=255) aCTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTc > 2:2678522/1‑148 (MQ=255) aCTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTc < 2:3067099/148‑1 (MQ=255) aCTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTc > 2:1231568/1‑148 (MQ=255) 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CP009273/3343830‑3344119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |