| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,409,856 | A→C | 100% | T489P (ACC→CCC) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,409,856 | 0 | A | C | 100.0% | 860.1 / NA | 213 | T489P (ACC→CCC) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (107/106); total (107/106) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATCCACAG > CP009273/3409712‑3410003 | gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTcccc < 2:464332/148‑1 (MQ=255)gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTcccc < 2:3427152/148‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTg > 2:1693934/1‑148 (MQ=255) tggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGc > 2:2202950/1‑148 (MQ=255) ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCg > 1:2112810/1‑148 (MQ=255) gggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGTCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTa < 1:1396974/148‑1 (MQ=255) gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtg < 2:693550/148‑1 (MQ=255) gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtg > 1:1941043/1‑148 (MQ=255) tATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTATTCCCCCTGCGTTAtgt > 1:2024534/1‑148 (MQ=255) aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtgtg > 1:2969288/1‑148 (MQ=255) cgcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCa > 2:811436/1‑148 (MQ=255) gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgc < 1:3004372/148‑1 (MQ=255) gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgc > 1:2429436/1‑148 (MQ=255) tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgct > 1:242373/1‑148 (MQ=255) tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgct > 1:1692616/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCACTTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTaaa > 1:2796256/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTaaa < 2:2395395/148‑1 (MQ=255) cGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGt > 2:1757360/1‑148 (MQ=255) cGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGt > 1:928320/1‑148 (MQ=255) gTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtct < 1:1002904/148‑1 (MQ=255) gTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtct > 1:505392/1‑148 (MQ=255) gTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtct < 1:728896/148‑1 (MQ=255) tatttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtctc > 2:2984217/1‑148 (MQ=255) tttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctg > 2:2862531/1‑148 (MQ=255) ttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctgc < 1:2500768/148‑1 (MQ=255) attCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctgctg < 1:2591534/148‑1 (MQ=255) ttCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGa > 2:1151993/1‑148 (MQ=255) gATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCAt < 1:2888031/148‑1 (MQ=255) tGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCa < 2:52043/148‑1 (MQ=255) gCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACg > 1:2615546/1‑148 (MQ=255) tcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaaa > 1:596916/1‑148 (MQ=255) tcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATaa < 1:2299805/148‑1 (MQ=255) ggcggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAgg < 2:3162295/148‑1 (MQ=255) gcggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAggg < 1:2351660/148‑1 (MQ=255) gTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCgg < 2:279879/148‑1 (MQ=255) ttCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGt < 2:3652370/148‑1 (MQ=255) cTACTGGGTCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGttt < 1:372336/148‑1 (MQ=255) cTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGttt < 1:1029650/148‑1 (MQ=255) cTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGttt < 1:1437856/148‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttct > 1:3040468/1‑148 (MQ=255) cTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttctt < 2:2264434/148‑1 (MQ=255) tGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttcttc > 2:1118641/1‑148 (MQ=255) ggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggt < 2:1539149/148‑1 (MQ=255) ggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggt > 2:2442464/1‑148 (MQ=255) 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tCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATcc < 1:2862531/148‑1 (MQ=255) | GCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGATCCACAG > CP009273/3409712‑3410003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |