| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,702 | T→A | 13.5% | L340Q (CTG→CAG) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,702 | 0 | T | A | 13.5% | 612.3 / 73.7 | 214 | L340Q (CTG→CAG) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (114/71); new base A (18/11); total (132/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849 | gCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTg > 1:492424/1‑148 (MQ=255) tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGAt < 1:2200832/148‑1 (MQ=255) tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGAt < 2:2864571/148‑1 (MQ=255) ggTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATc > 1:290582/1‑148 (MQ=255) aaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACt > 2:1383841/1‑148 (MQ=255) aTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTg > 2:3029433/1‑148 (MQ=255) aCCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGa > 1:976541/1‑148 (MQ=255) atcatcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtct > 1:3669844/1‑148 (MQ=255) atcatcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtct > 2:1590591/1‑148 (MQ=255) tcatcGCACTCTTCAAAGATAACAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtctt < 1:1175771/148‑1 (MQ=255) catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttc < 2:3475893/148‑1 (MQ=255) catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttc > 1:613755/1‑148 (MQ=255) cGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGt < 2:1493940/148‑1 (MQ=255) cACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTCTGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGttt > 1:2753358/1‑148 (MQ=255) cACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTCTGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGttt > 1:839277/1‑148 (MQ=255) cACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGttt < 2:1969661/148‑1 (MQ=255) aCTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTc < 1:3762774/148‑1 (MQ=255) ctctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCa > 2:2695227/1‑148 (MQ=255) ctctTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCa > 1:258425/1‑148 (MQ=255) 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gTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGc < 2:3730826/148‑1 (MQ=255) gAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAAcgcg < 1:3413508/148‑1 (MQ=255) aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCga < 2:3305624/148‑1 (MQ=255) ggTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatga < 1:2919201/148‑1 (MQ=255) gTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatgat < 2:2502579/148‑1 (MQ=255) tATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGAtt < 2:257425/148‑1 (MQ=255) aTGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTa < 1:385473/148‑1 (MQ=255) gTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACg < 2:14828/148‑1 (MQ=255) gTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACg < 2:14440/148‑1 (MQ=255) ttttCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGc > 1:1539755/1‑148 (MQ=255) ttttCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGc > 1:1369563/1‑148 (MQ=255) ccgcGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGaaa < 2:2173794/148‑1 (MQ=255) ccgcGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTCAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGaaa < 2:2646270/148‑1 (MQ=255) cgcgCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGaaaa < 1:2323244/148‑1 (MQ=255) cgcTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACg < 2:356336/148‑1 (MQ=255) tGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCa < 2:839277/148‑1 (MQ=255) | GCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCA > CP009273/3415556‑3415849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |