Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,519,708 | T→G | 6.5% | intergenic (‑200/‑120) | nudE ← / → yrfF | adenosine nucleotide hydrolase; substrates include Ap3A, Ap2A, ADP‑ribose, NADH/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,519,708 | 0 | T | G | 6.5% | 586.9 / 30.6 | 209 | intergenic (‑200/‑120) | nudE/yrfF | adenosine nucleotide hydrolase; substrates include Ap3A, Ap2A, ADP‑ribose, NADH/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/79); new base G (10/4); total (126/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
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cTATGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCAt > 2:3750516/1‑148 (MQ=255) tATGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCAtt > 1:1949871/1‑148 (MQ=255) aTGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATtg > 1:778685/1‑148 (MQ=255) aTGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATtg > 1:2703054/1‑148 (MQ=255) aTGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATtg > 1:2610064/1‑148 (MQ=255) aTGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATtg < 1:419299/148‑1 (MQ=255) gATCAGCGGTTACGGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATtgtg < 2:543857/148‑1 (MQ=255) aTCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGa > 2:1871150/1‑148 (MQ=255) aTCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGa < 2:3096721/148‑1 (MQ=255) tCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAt < 2:1567651/148‑1 (MQ=255) cAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAtt > 1:630729/1‑148 (MQ=255) cAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAtt > 1:630714/1‑148 (MQ=255) cAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTCACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAtt < 1:3570890/148‑1 (MQ=255) cGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAttttt > 1:1111644/1‑148 (MQ=255) cGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAttttt < 2:2908561/148‑1 (MQ=255) cGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAttttt > 2:1694454/1‑148 (MQ=255) cGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAttttt > 1:3019102/1‑148 (MQ=255) cGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAttttt > 1:283888/1‑148 (MQ=255) ggTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGAtttttt < 2:2863819/148‑1 (MQ=255) tACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGATTTTTTTAg < 1:3649341/148‑1 (MQ=255) tACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGATTTTTTTAg > 2:953014/1‑148 (MQ=255) | TTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGTCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAGGGTTTGCTATGATCAGCGGTTACTGTGATGTGCTTAATGATGCTCAAGTTAAACTCCACGCTTGCCGATAGCCAACCGCAGAATCATGTATTGTGTCCGGTGCGACTGACCACGCCTGACAGACTAAGTAAGATGGGGAAAGCATGAGCACCATTGTGATTTTTTTAGCTG > CP009273/3519561‑3519855 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |