Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,525,215 | A→C | 8.7% | L195R (CTG→CGG) | yhgE ← | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,525,215 | 0 | A | C | 8.7% | 392.9 / 5.4 | 179 | L195R (CTG→CGG) | yhgE | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/99); new base C (19/2); total (78/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCA > CP009273/3525068‑3525362 | cgcTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGAGTAAACGTGACTGTGGTAGCGCGAGGATAACCCCCAgcgc > 2:1681780/1‑148 (MQ=255) cTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCgg > 1:3118557/1‑148 (MQ=255) cTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGAGTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCgg > 1:3118818/1‑148 (MQ=255) 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atAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGataaataa < 1:1394392/148‑1 (MQ=255) tAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGAtaaataaa < 2:2175874/148‑1 (MQ=255) tAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGAtaaataaa < 1:1190633/148‑1 (MQ=255) aaaCATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAAc < 1:3449354/148‑1 (MQ=255) aaaCATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAAAGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCCGCGCGGTAAACAGACCGAACGTGAGATAAATAAAc > 1:1197980/1‑148 (MQ=255) 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aCCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGaaaaa < 2:137246/148‑1 (MQ=255) cAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCAcc < 2:1967931/148‑1 (MQ=255) | ATCGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCA > CP009273/3525068‑3525362 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |