Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,546,300 | G→T | 11.1% | intergenic (‑468/‑144) | malP ← / → malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,546,300 | 0 | G | T | 11.1% | 877.3 / 16.4 | 301 | intergenic (‑468/‑144) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/181); new base T (41/2); total (118/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGC > CP009273/3546154‑3546447 | aTAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTgg < 2:963866/148‑1 (MQ=255) aGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGaa < 2:2699857/148‑1 (MQ=255) aTTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAATATTTGGAAtt > 2:3526370/1‑148 (MQ=255) ttattaAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTGTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTTGAATtgt 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |