| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,577,827 | 0 | A | G | 26.1% | 755.8 / inf | 429 | intergenic (+158/‑292) | yrhA/yrhB | pseudogene, interrupted by IS1E/stable heat shock chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (162/154); new base G (45/67); total (208/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 432 total aligned reads displayed.
GAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATA > CP009273/3577680‑3577974 | gAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTa > 2:1588916/1‑148 (MQ=255) cAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACCACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAtttt < 1:404186/148‑1 (MQ=255) aaaaTCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAg < 1:604062/148‑1 (MQ=255) aaaTCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGc 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GAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATA > CP009273/3577680‑3577974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |