New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 234 (0.990) | 135/276 | NT | 100% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
? | CP009273 | 566411 = | 0 (0.000) | coding (63/552 nt) | ybcL | inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor; DLP12 prophage; secreted protein, UPF0098 family |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTA > CP009273/566411‑566555 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:113834/1‑149 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 2:3401055/1‑149 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2:3299343/1‑149 GCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAA < 1:3117909/149‑1 CTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGA < 1:1564536/149‑1 TCCGGCCCGACGACATCAATCATCTCGTCTCCAATGACGAGTCTACAAACTAGGAGTAAGACTATCACTTATTTCAGTGATATTGGGTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGGCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAG < 2:2912422/149‑1 CGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAG < 1:86300/149‑1 GCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGTCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCA > 2:3617614/1‑149 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1:2105595/1‑149 TGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCT < 2:3385696/149‑1 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTT > 2:926423/1‑149 TCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTT > 1:928791/1‑149 CAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGG > 1:3068226/1‑149 ATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGAT > 2:389502/1‑149 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GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC < 2:2132547/149‑1 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC > 1:633937/1‑149 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC > 1:3338740/1‑149 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC > 1:3102089/1‑149 GTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCC > 2:979374/1‑149 GTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGCCTGGTGTTCC < 1:2971901/149‑1 GTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGA > 1:3896155/1‑149 CTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTGTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAG > 2:3486872/1‑149 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGG < 2:6381/149‑1 GATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACC > 2:1100062/1‑149 TTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCAGGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAA > 2:2360696/1‑149 CAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAA < 1:1281497/149‑1 AGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAG > 2:2714471/1‑149 GGGGGCCAGTCTAGTTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGC > 2:484920/1‑149 GGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGC > 2:1420092/1‑149 GGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCT < 2:916756/149‑1 GGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTT < 1:1522249/149‑1 CAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCC > 1:1334460/1‑149 CAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGAGTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCC > 2:257008/1‑149 GTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGT < 2:3528172/149‑1 TCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGAGTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTA > 1:2845473/1‑149 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTA > CP009273/566411‑566555 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |