Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,513,424 | A→T | 100% | V213V (GTT→GTA) | hofQ ← | DNA catabolic putative fimbrial transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,513,424 | 0 | A | T | 96.4% | 808.3 / 14.2 | 250 | V213V (GTT→GTA) | hofQ | DNA catabolic putative fimbrial transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/4); new base T (110/131); total (115/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGC > CP009273/3513278‑3513569 | cTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTAc > 1:3673757/1‑149 (MQ=255) cTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTAc > 1:2199965/1‑149 (MQ=255) cTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTAc < 1:1342107/149‑1 (MQ=255) ggCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGc > 1:2395434/1‑149 (MQ=255) ggCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGc > 1:2273122/1‑149 (MQ=255) gCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGcc > 2:74116/1‑149 (MQ=255) gCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGcc > 1:157348/1‑149 (MQ=255) gATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccac > 2:3320926/1‑149 (MQ=255) taataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccacca > 1:485524/1‑149 (MQ=255) atatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGc > 1:3201459/1‑149 (MQ=255) atatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGc > 2:1041083/1‑149 (MQ=255) atatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGc > 1:3973652/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgtgt < 1:2686023/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgtgt < 2:2405031/149‑1 (MQ=255) gctgctGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTgc > 2:406146/1‑149 (MQ=255) tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATc < 1:1779363/149‑1 (MQ=255) gTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCg > 1:91365/1‑149 (MQ=255) tttttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCgg > 1:3824950/1‑149 (MQ=255) tGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAg < 2:3673757/149‑1 (MQ=255) gTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGc > 1:4070420/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTc < 1:2181558/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTcc < 1:2066818/149‑1 (MQ=255) cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAtt < 1:3240031/149‑1 (MQ=255) cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAtt < 1:2984719/149‑1 (MQ=255) gAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCAc > 2:2156260/1‑149 (MQ=255) gAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCAc > 1:573200/1‑149 (MQ=255) gAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCAc > 1:3595120/1‑149 (MQ=255) aGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGcc < 1:2708233/149‑1 (MQ=255) aGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGcc < 2:2804717/149‑1 (MQ=255) aGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGcc > 2:569815/1‑149 (MQ=255) gCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCt > 1:3152636/1‑149 (MQ=255) tCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa > 2:1969274/1‑149 (MQ=255) cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAAc > 2:1009535/1‑149 (MQ=255) aaGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACt > 2:3099096/1‑149 (MQ=255) aGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTc > 2:1552277/1‑149 (MQ=255) aGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTc > 1:2774089/1‑149 (MQ=255) aGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTc > 1:1003396/1‑149 (MQ=255) aGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTc < 2:63179/149‑1 (MQ=255) gATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa > 1:1440577/1‑149 (MQ=255) gATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa < 1:159087/149‑1 (MQ=255) gATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa < 1:2569946/149‑1 (MQ=255) gATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa < 1:1592105/149‑1 (MQ=255) aTCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCAc < 1:4007733/149‑1 (MQ=255) aaGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt < 1:1417276/149‑1 (MQ=255) aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACtt > 2:2740937/1‑149 (MQ=255) gCGTCCGTTGACGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttt < 1:2916395/149‑1 (MQ=255) tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACtttttt < 1:2428368/149‑1 (MQ=255) tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACtttttt > 1:3369885/1‑149 (MQ=255) ccGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTc > 2:288510/1‑149 (MQ=255) cGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCa < 2:3395468/149‑1 (MQ=255) ttGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCAtt > 2:341682/1‑149 (MQ=255) ttGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCAtt < 1:2819796/149‑1 (MQ=255) gATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTTGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa < 2:2250526/149‑1 (MQ=255) gATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa < 1:1045255/149‑1 (MQ=255) gcgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg > 2:391627/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg < 1:343276/149‑1 (MQ=255) cgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGt < 2:859566/149‑1 (MQ=255) cccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGa < 1:1480356/149‑1 (MQ=255) cccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGa < 1:1552277/149‑1 (MQ=255) cccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGa < 1:99701/149‑1 (MQ=255) ccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGAc < 2:147500/149‑1 (MQ=255) aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACaa > 1:1102689/1‑149 (MQ=255) aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACaa > 1:449624/1‑149 (MQ=255) aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACaa > 2:1880679/1‑149 (MQ=255) tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAata > 2:2601065/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAatat < 1:1809788/149‑1 (MQ=255) tAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgc > 2:1604363/1‑149 (MQ=255) tAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgc > 1:965739/1‑149 (MQ=255) tAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACCCCACCAGCGTGTTGCGCCTCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACACTATgc > 2:2318517/1‑149 (MQ=255) aaaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc > 2:3149951/1‑149 (MQ=255) aaaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc < 1:729941/149‑1 (MQ=255) aaaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc < 1:3020860/149‑1 (MQ=255) cGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGAc < 2:3554783/149‑1 (MQ=255) cGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGAc > 2:2097507/1‑149 (MQ=255) cATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGc > 1:1298770/1‑149 (MQ=255) tGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTc < 1:2980549/149‑1 (MQ=255) tGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTc > 2:3186445/1‑149 (MQ=255) cGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCaa < 2:1082027/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAAcc < 2:3809687/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAAcc > 1:2931376/1‑149 (MQ=255) ttGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAAcc < 2:1334713/149‑1 (MQ=255) tCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGc > 2:1681944/1‑149 (MQ=255) gCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGccc < 2:2985056/149‑1 (MQ=255) gTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGAc < 1:1992955/149‑1 (MQ=255) tCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGAcc > 1:1680074/1‑149 (MQ=255) tCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGAcc < 1:3320926/149‑1 (MQ=255) ggAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGAt < 1:2558304/149‑1 (MQ=255) gagaGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATc < 1:4049119/149‑1 (MQ=255) ggTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAtt < 2:242240/149‑1 (MQ=255) ggTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAtt < 2:2219223/149‑1 (MQ=255) gTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAttt > 2:1914190/1‑149 (MQ=255) gTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAttt < 1:3918382/149‑1 (MQ=255) gTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAgtt > 2:2946234/1‑149 (MQ=255) gCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTgcg > 2:4081978/1‑149 (MQ=255) tgACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCa < 1:2155156/149‑1 (MQ=255) tgACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCa > 1:1204885/1‑149 (MQ=255) gACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCaa < 2:157348/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAgc < 2:1141842/149‑1 (MQ=255) ttGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAgcg > 1:620845/1‑149 (MQ=255) tGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAgcgc < 1:4074239/149‑1 (MQ=255) | CTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGC > CP009273/3513278‑3513569 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |