Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,577,827 | A→G | 11.1% | intergenic (+158/‑292) | yrhA → / → yrhB | pseudogene, interrupted by IS1E/stable heat shock chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,577,827 | 0 | A | G | 11.1% | 794.8 / 77.9 | 269 | intergenic (+158/‑292) | yrhA/yrhB | pseudogene, interrupted by IS1E/stable heat shock chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/133); new base G (13/17); total (119/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATAC > CP009273/3577680‑3577975 | aaaCAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAtt > 1:1534729/1‑149 (MQ=255) aaCAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAttt > 2:1099322/1‑149 (MQ=255) aaCAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAttt > 2:1774450/1‑149 (MQ=255) aCAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGtttt > 2:1815120/1‑149 (MQ=255) cAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTa < 2:2291137/149‑1 (MQ=255) aaaaaTCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAg < 1:3232312/149‑1 (MQ=255) aTCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGa > 1:2584869/1‑149 (MQ=255) cATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGaaa < 2:1909418/149‑1 (MQ=255) ttGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATa > 2:3813612/1‑149 (MQ=255) gTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGc < 2:141297/149‑1 (MQ=255) gTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGc < 1:1207622/149‑1 (MQ=255) tAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCt < 2:3619867/149‑1 (MQ=255) aCCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAAt > 2:1465378/1‑149 (MQ=255) aCCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAAt > 1:2040812/1‑149 (MQ=255) tGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCt < 2:3948600/149‑1 (MQ=255) gCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGAACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTa < 2:2913478/149‑1 (MQ=255) ccATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTat > 2:1273250/1‑149 (MQ=255) tCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTatgat < 2:1301199/149‑1 (MQ=255) ttAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGAttt < 2:580582/149‑1 (MQ=255) gagaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTaa < 2:1249194/149‑1 (MQ=255) agaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAAt < 1:142439/149‑1 (MQ=255) gaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATg < 2:1182253/149‑1 (MQ=255) gaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATg > 1:553639/1‑149 (MQ=255) gaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATg > 1:1223342/1‑149 (MQ=255) gaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATg < 2:549387/149‑1 (MQ=255) gaTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATg < 2:549311/149‑1 (MQ=255) aTTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGa < 1:3241124/149‑1 (MQ=255) ttACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGAc > 2:448169/1‑149 (MQ=255) tACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACa < 1:2882559/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTTTGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATg < 1:909520/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATg < 1:913474/149‑1 (MQ=255) gcagAAAATTCCTTTTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTg < 1:1065281/149‑1 (MQ=255) cagAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGa < 2:2244557/149‑1 (MQ=255) cagAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGa > 2:1137994/1‑149 (MQ=255) agAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGat < 2:2040812/149‑1 (MQ=255) agAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGat > 1:2672734/1‑149 (MQ=255) agAAAAGTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGat < 2:3327939/149‑1 (MQ=255) gAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGatt < 2:508487/149‑1 (MQ=255) gAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGatt > 2:3265137/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGattt > 1:1867623/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGattt > 2:161009/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGattt < 2:1786945/149‑1 (MQ=255) aTTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGacttatt > 2:911948/1‑149 (MQ=255) ttGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGaa > 1:1002427/1‑149 (MQ=255) ttGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGaa > 1:80670/1‑149 (MQ=255) gTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAAtt < 1:3365688/149‑1 (MQ=255) gTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAAtt < 1:3916747/149‑1 (MQ=255) tCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAAtttt < 1:1843920/149‑1 (MQ=255) cGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTa < 2:3117250/149‑1 (MQ=255) aaTTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTAccc < 2:3378793/149‑1 (MQ=255) ttAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGaa < 1:792401/149‑1 (MQ=255) aGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATc < 2:2789814/149‑1 (MQ=255) aGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATc < 2:3712673/149‑1 (MQ=255) gCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCa > 2:693912/1‑149 (MQ=255) tGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAg < 2:1885391/149‑1 (MQ=255) gCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGa > 1:1326465/1‑149 (MQ=255) gCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGa < 2:3249311/149‑1 (MQ=255) gAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATc > 2:832351/1‑149 (MQ=255) gAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATc < 1:3658916/149‑1 (MQ=255) aaaaaCTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCt < 1:3837000/149‑1 (MQ=255) aaaCTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTa > 1:3322964/1‑149 (MQ=255) aaCTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTaa > 1:3787683/1‑149 (MQ=255) aaCTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTaa > 1:417982/1‑149 (MQ=255) tACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATaa > 1:163929/1‑149 (MQ=255) tACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATaa > 1:163335/1‑149 (MQ=255) tACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATaa < 2:208788/149‑1 (MQ=255) aCAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAg > 1:3273109/1‑149 (MQ=255) aaCGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGaa < 2:2731669/149‑1 (MQ=255) aaCGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGaa < 2:2435609/149‑1 (MQ=255) gAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATc < 1:698942/149‑1 (MQ=255) aaCTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATcc > 1:3202229/1‑149 (MQ=255) aCTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATccc > 1:2065100/1‑149 (MQ=255) acacTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGtt > 2:3063548/1‑149 (MQ=255) cTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGa < 1:3115649/149‑1 (MQ=255) tCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGAc < 2:1544134/149‑1 (MQ=255) tCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCACGTTCGAc > 1:2147299/1‑149 (MQ=255) ccTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACg > 2:4039561/1‑149 (MQ=255) cTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGt < 1:3557294/149‑1 (MQ=255) ttAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGtt < 2:3590901/149‑1 (MQ=255) ttAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGtt > 1:3012659/1‑149 (MQ=255) aGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTg > 2:3194550/1‑149 (MQ=255) gTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGa > 1:3873586/1‑149 (MQ=255) gTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGa < 2:797457/149‑1 (MQ=255) tGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGaa > 1:1107584/1‑149 (MQ=255) gagaTGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGaaa > 2:2516662/1‑149 (MQ=255) tGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGa < 1:3813612/149‑1 (MQ=255) aCCGAAGACATGTAGTCTCTGTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAAt < 2:3033979/149‑1 (MQ=255) aCCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATTGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAAt > 1:2708382/1‑149 (MQ=255) aCCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAAt < 1:1795756/149‑1 (MQ=255) gAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCAt > 1:3036021/1‑149 (MQ=255) aTGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAata < 2:1083417/149‑1 (MQ=255) tGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAatat > 1:687796/1‑149 (MQ=255) gTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATAtt < 1:1279983/149‑1 (MQ=255) tAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTa < 1:4063269/149‑1 (MQ=255) aGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAg > 2:2190984/1‑149 (MQ=255) tctcTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCa > 2:1237953/1‑149 (MQ=255) tctcTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCa < 1:3619571/149‑1 (MQ=255) tctcTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCa < 1:1573591/149‑1 (MQ=255) tctATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTTCCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGa < 1:2504103/149‑1 (MQ=255) ctATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGAt < 1:777237/149‑1 (MQ=255) | GAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATAC > CP009273/3577680‑3577975 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |