Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,639,239 | G→T | 93.7% | P165P (CCG→CCT) | rlmJ → | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,639,239 | 0 | G | T | 93.7% | 675.8 / 35.3 | 238 | P165P (CCG→CCT) | rlmJ | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/5); new base T (91/132); total (101/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCGAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGC > CP009273/3639094‑3639382 | aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTat > 1:3994222/1‑149 (MQ=255) aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTat < 2:1975982/149‑1 (MQ=255) aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTat > 2:169094/1‑149 (MQ=255) aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTat > 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gACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGc > 1:1541262/1‑149 (MQ=255) | CCGAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGC > CP009273/3639094‑3639382 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |