| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,646,984 | G→T | 100% | pseudogene (394/483 nt) | yhiS → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,646,984 | 0 | G | T | 98.5% | 890.1 / 2.6 | 272 | pseudogene (394/483 nt) | yhiS | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (131/137); total (134/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTT > CP009273/3646838‑3647127 | ttAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaa < 2:532179/149‑1 (MQ=255) tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa < 1:1328391/149‑1 (MQ=255) tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa > 2:2297157/1‑149 (MQ=255) gCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGa > 1:112892/1‑149 (MQ=255) ccTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 1:1089180/149‑1 (MQ=255) ccTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat > 2:2894361/1‑149 (MQ=255) ccTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 1:3604135/149‑1 (MQ=255) ccTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 1:1454437/149‑1 (MQ=255) tttACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGatat < 2:1145950/149‑1 (MQ=255) tttACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGatat < 1:2795988/149‑1 (MQ=255) ctcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATgggg > 1:1929486/1‑149 (MQ=255) ccGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTgg > 1:2418310/1‑149 (MQ=255) cGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGga < 2:577141/149‑1 (MQ=255) aTACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaa < 2:890543/149‑1 (MQ=255) tACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaat > 1:3695043/1‑149 (MQ=255) aaTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaataga > 1:3189686/1‑149 (MQ=255) aTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 2:2698876/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaaat > 2:2331303/1‑149 (MQ=255) aaaaTTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaaat < 1:1309003/149‑1 (MQ=255) aTTCAAACATGTGCATAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATAcc < 2:2565791/149‑1 (MQ=255) aTTCAAACATGGTCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCC‑AAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCa < 2:2727052/149‑1 (MQ=255) aTTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATAcc < 2:2095051/149‑1 (MQ=255) cAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATc > 2:2646129/1‑149 (MQ=255) cAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATc < 1:1524432/149‑1 (MQ=255) aaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 1:1379134/149‑1 (MQ=255) gggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa < 2:1236638/149‑1 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaaa > 2:1541600/1‑149 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGACATAGAAATACCATCTGGTaaaa > 2:2940161/1‑149 (MQ=255) gCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAg > 2:2149232/1‑149 (MQ=255) aGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGaa > 2:1390397/1‑149 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAtt > 2:430932/1‑149 (MQ=255) tGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGc > 1:2945649/1‑149 (MQ=255) tGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGc < 2:611476/149‑1 (MQ=255) gTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCt < 2:3195277/149‑1 (MQ=255) tCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCtt > 1:1661191/1‑149 (MQ=255) aaTATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCa > 2:2745654/1‑149 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa > 2:516148/1‑149 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa > 2:1374365/1‑149 (MQ=255) cAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCa < 1:2297157/149‑1 (MQ=255) cAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCa < 1:1264315/149‑1 (MQ=255) aTTCGAATTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCATAAAAAATGTCACACACGCATTATTTAAAGAGGCCACTGGATTATTAAAAAGATATTAATTATTGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt < 1:3820069/149‑1 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt > 1:1708146/1‑149 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt < 1:2546073/149‑1 (MQ=255) ttCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTa < 2:1435658/149‑1 (MQ=255) cGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTAcc < 2:2524345/149‑1 (MQ=255) gAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCa < 1:3419060/149‑1 (MQ=255) gTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGaa > 1:1754697/1‑149 (MQ=255) gTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGaa > 2:3029589/1‑149 (MQ=255) gTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGaa < 1:991657/149‑1 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata > 1:3786047/1‑149 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata < 1:460934/149‑1 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata < 1:262247/149‑1 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata < 2:2486269/149‑1 (MQ=255) tttCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATACGCTTATCAAATCATTACCAGAataa > 2:4106507/1‑148 (MQ=255) cAATACGAGACTCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 2:2137715/149‑1 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAc > 1:812920/1‑149 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAc < 2:1507783/149‑1 (MQ=255) gaCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataat < 1:3932963/149‑1 (MQ=255) gaCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataat > 1:345968/1‑149 (MQ=255) aCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataata > 1:741450/1‑149 (MQ=255) aCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataata > 2:3371472/1‑149 (MQ=255) aCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataata > 2:3371517/1‑149 (MQ=255) cTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTg > 1:2144021/1‑149 (MQ=255) cTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTg > 1:3223289/1‑149 (MQ=255) ttAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa < 2:3629816/149‑1 (MQ=255) ttAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa < 1:3965567/149‑1 (MQ=255) aaCCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatt > 1:2304870/1‑149 (MQ=255) aCCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatta < 2:657764/149‑1 (MQ=255) ccAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattatt > 2:227526/1‑149 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGAttatta < 1:810230/149‑1 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGAttatta > 1:3299604/1‑149 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGAttatta < 1:3058211/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAg < 2:3873577/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTGTCACACACGCATTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAACACCATAATATTGATTATTAg < 2:3458636/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCa < 2:1338380/149‑1 (MQ=255) aaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCAc > 2:4114258/1‑149 (MQ=255) aaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCCTAATATTGATTATTAGCACt < 2:1939921/149‑1 (MQ=255) aaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACt > 2:183615/1‑149 (MQ=255) aaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACttt < 1:1906627/149‑1 (MQ=255) tCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATaa < 1:2851598/149‑1 (MQ=255) acacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATc < 2:2212217/149‑1 (MQ=255) cacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCa > 1:2496285/1‑149 (MQ=255) cacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCa < 1:469646/149‑1 (MQ=255) acacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAt < 2:2624184/149‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 1:2330287/149‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:3757891/149‑1 (MQ=255) ttATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaa > 2:1048354/1‑149 (MQ=255) tttAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaaaaa < 1:2698876/149‑1 (MQ=255) aaGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGa > 2:1658281/1‑149 (MQ=255) agagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAt < 2:1708146/149‑1 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 2:1584150/149‑1 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 1:1015595/149‑1 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 2:713711/149‑1 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt > 1:456568/1‑149 (MQ=255) ccACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTAt < 2:812823/149‑1 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg > 1:1419165/1‑149 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg < 1:3857623/149‑1 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg < 1:1814919/149‑1 (MQ=255) gCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACt > 2:3627363/1‑149 (MQ=255) gCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACt < 1:4054571/149‑1 (MQ=255) | TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTT > CP009273/3646838‑3647127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |