Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,664,901 | C→A | 6.5% | A118A (GCG→GCT) | yhjB ← | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,664,901 | 0 | C | A | 6.5% | 947.4 / 24.4 | 266 | A118A (GCG→GCT) | yhjB | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/130); new base A (16/3); total (133/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
ATTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGCACCA > CP009273/3664754‑3665049 | gcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACt > 1:3661456/1‑149 (MQ=255) gcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACt > 2:3692269/1‑149 (MQ=255) ctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAtt < 2:3337482/149‑1 (MQ=255) ctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAtt < 2:1830440/149‑1 (MQ=255) gCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTa < 2:2057290/149‑1 (MQ=255) ccGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTAc < 1:1336133/149‑1 (MQ=255) cGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTAcc < 1:3577202/149‑1 (MQ=255) gATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCg > 2:3912008/1‑149 (MQ=255) aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATTTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 1:2190746/1‑149 (MQ=255) aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 1:1964191/1‑149 (MQ=255) aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 2:210270/1‑149 (MQ=255) ccTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAAc < 1:1273876/149‑1 (MQ=255) cTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAAAGATTTTAGATCTTTAATTTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCAACGCCGCACAATTTACCGCCAACg > 1:347819/1‑149 (MQ=255) cTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAAAGATTTTAGATCTTTAATGTCCTTTTCCCGCCTCGTCCGCCAGTCACCAGGCAAAAACAACAAACCCATCGCCCCACAAATTACAGCCAACg > 1:1802543/1‑149 (MQ=255) ttATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGc > 2:2119585/1‑149 (MQ=255) aTTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTATCCAGGCAGAAACATAATACCCATAGCCGCACTATTTACCGCCAACGCaa > 1:746730/1‑149 (MQ=255) tttGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCaaa < 2:4081141/149‑1 (MQ=255) tGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATg < 1:3812488/149‑1 (MQ=255) 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aaCATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATc > 1:3606483/1‑149 (MQ=255) aCATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCa < 2:1578729/149‑1 (MQ=255) aCATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCa < 1:4026805/149‑1 (MQ=255) tGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGa < 1:1808413/149‑1 (MQ=255) ttAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGCTTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGc > 1:3982414/1‑149 (MQ=255) 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gagaTCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGTCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCt > 1:3159955/1‑149 (MQ=255) gaTCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGt < 1:2856934/149‑1 (MQ=255) aTCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTa > 2:1223650/1‑149 (MQ=255) cTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAac < 1:251458/149‑1 (MQ=255) ttAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAacca < 2:3631211/149‑1 (MQ=255) 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catcatCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAg < 2:609164/149‑1 (MQ=255) tcatcCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGa < 1:40720/149‑1 (MQ=255) catcCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGaa > 2:2030500/1‑149 (MQ=255) atcCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGaaa > 1:223904/1‑149 (MQ=255) atcCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGaaa > 1:3269466/1‑149 (MQ=255) 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aTCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGcac > 2:326650/1‑149 (MQ=255) cgccgcACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGcacca < 1:628658/149‑1 (MQ=255) | ATTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGCACCA > CP009273/3664754‑3665049 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |